1. 국내선
- 대한항공의 자회사답게 상행/하행선 개념이 명확하다. 김포 출발, 인천 출발, 제주 도착은 하행이다. 국제선의 경우 대한민국 출국편이 하행으로 홀수, 입국편이 상행으로 짝수다.
| 국내선 | |||
| 운항 노선 | 운항 횟수 | ||
| 서울(GMP) | ↔ | 제주(CJU) | 7~9회/일 |
| 부산(PUS) | 1~2회/일 | ||
| 여수(RSU) | 1회/일 | ||
| 울산(USN) | 1회/일 | ||
| 포항경주(KPO) | 1회/일 | ||
| 사천(HIN) | 2회/일 | ||
| 제주(CJU) | ↔ | 부산(PUS) | 5회/일 |
| 대구(TAE) | 5회/일 | ||
| 청주(CJJ) | 5회/일 | ||
| 광주(KWJ) | 4회/일 | ||
| 무안(MWX) | 2회/주 | ||
| 여수(RSU) | 1회/일 | ||
| 울산(USN) | 1회/일 | ||
| 포항경주(KPO) | 2회/일 | ||
| 원주(WJU) | 2회/일 | ||
| 군산(KUV) | 1회/일 | ||
서울 - 부산 노선 운항을 포기한 적 있다. 그 이유는 경쟁사인 에어부산이 이 노선에 올인하면서도 모기업인 아시아나항공의 전폭적인 지원[1]을 받은 데 비하여, 진에어는 다소 어정쩡한 처지에서 장사하려다 보니 수익성이 영 좋지 않았기 때문으로, 폐선했다가 2020년 5월 14일부터 다시 부활했다.
2015년 2월 말에 김해국제공항에 다시 복항했다. 운항 노선은 부산-제주 노선이다.
2015년 9월 1일 기준으로 청주-제주 노선 취항을 시작했다. 일일 4회 왕복이며 이제 대전/충청권, 경기남부권 시민들도 이용 가능한 항공사가 늘어난 셈이다.
제재 해제 소식과 함께 대구국제공항 신규 취항 떡밥이 돌더니 2020년 4월 29일부터 5월 5일까지 대구국제공항으로 1일 4왕복으로 임시편 취항 후 5월 15일부터, 광주 노선은 5월 16일부터 신규 취항을 시작했다. 국내선 신규 취항 공지
6월 19일에는 김포-여수 노선과 여수-제주 노선, 7월 31일부터 김포-대구/울산/포항 노선과 포항/울산-제주 노선을 임시편에서 정기편으로 전환했다. #1,#2
한때 인천발 제주행 비행기편이 코로나로 인해 제주에서 시안가는 연결편으로 부정기편으로 운항했었다. 운항일은 매주 수요일이었으며, 저조한 탑승률로 지금은 승객을 태우지 않고 Ferry Flight 비행으로만 운항 중이다.
현재 국내선에서 운항하는 항공사 중에서 가장 많은 노선을 가지고 있다.[2] 코로나로 인해 국제선 운항이 중단되어 국내선 확장을 결정하였고[3] 대부분 대한항공의 국내선 운항 중단 노선들을 이어받았기 때문에 다른 타 항공사보다 노선이 많을 수밖에 없다. 무안공항, 양양공항을 제외한 모든 공항(여수공항, 포항경주공항, 울산공항, 대구공항, 원주공항, 군산공항, 사천공항)에 새로 취항함으로써 대한항공이 진에어에게 모든 노선을 넘겨주고 울산, 광주, 청주를 제외한 대부분의 지방공항에서 철수하였다.
2022년 1월 28일부로 사천공항-김포 노선 운항을 시작했다. #
김포-대구 같은 경우 2021년 7월부터 KTX, SRT 경쟁으로 인해 없어졌으나 명절 기간에 한해 운항을 하게 되었으며 최근에는 진에어도 대한항공과 코드쉐어하는 편이 생겼다.
2022년 5월부터 국제선 운항이 가능해지기 시작하면서 지방 공항에서 일부 운휴 또는 철수를 하려는 움직임이 보이고 있다. 그 시작으로 여수공항, 김해국제공항에서는 김포행 노선의 운행 회수를 일 1회로 감편했고, 울산공항에서는 김포행 노선을 2023년 3월까지 운항 중단 및 운휴 이후에 복항을 하였지만, 운항 횟수가 4회에서 1회로 줄어들었다.
2. 국제선
인천공항 출발편의 경우 2023년 7월 1일부터 제1여객터미널이 아닌 제2여객터미널에서 탑승을 해야한다. 인천공항을 이용할때 터미널을 혼동하지 않도록 주의 바람.| 국제선 | |||||
| 출발지 | 도착지 | 운항 횟수 | |||
| 국가 | 도시 | 공항 | |||
| 서울(ICN) | [[일본|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 도쿄 | 나리타 국제공항 | 일 5회 | |
| 오사카 | 간사이 국제공항 | 일 5회 | |||
| 후쿠오카 | 후쿠오카 공항 | 일 4회 | |||
| 나고야 | 센트레아 나고야 중부국제공항 | 일 2회 | |||
| 삿포로 | 신치토세 공항 | 일 1회 | |||
| 오키나와 | 나하 공항 | 일 1회 | |||
| 기타큐슈 | 기타큐슈 공항 | 일 1회 | |||
| 다카마쓰 | 다카마쓰 공항 | 일 1회 | |||
| 미야코지마 | 시모지시마 공항 | 주 5회 | |||
| [[홍콩|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 홍콩 | 홍콩 국제공항 | 일 1회 | ||
| [[틀:국기|]][[마카오|]][[틀:국기|]] | 마카오 | 마카오 국제공항 | 일 1회 | ||
| [[대만|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 타이베이 | 타이완 타오위안 국제공항 | 일 1회 | ||
| 타이중 | | 일 1회 | |||
| [[태국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 방콕 | 수완나품 국제공항 | 일 1회 | ||
| 푸켓 | 푸켓 국제공항 | 주 4회 | |||
| 치앙마이 | 치앙마이 국제공항 | 주 4회 | |||
| [[필리핀|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 세부 | 막탄 세부 국제공항 | 일 1회 | ||
| 클락 | 클라크 국제공항 | 일 1회 | |||
| 보홀 | 보홀 팡라오 국제공항 | 일 1회 | |||
| [[베트남|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 다낭 | 다낭 국제공항 | 일 1회 | ||
| 나트랑 | 깜라인 국제공항 | 일 1회 | |||
| 푸꾸옥 | 푸꾸옥 국제공항 | 일 1회 | |||
| [[라오스|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 비엔티안 | 왓따이 국제공항 | 일 1회 | ||
| [[말레이시아|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 코타키나발루 | 코타키나발루 국제공항 | 일 1회 | ||
| [[미국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 괌 | 안토니오 B. 원 팻 국제공항 | 일 1회 | ||
| 부산(PUS) | [[일본|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 도쿄 | 나리타 국제공항 | 일 2회 | |
| 오사카 | 간사이 국제공항 | 일 2회 | |||
| 후쿠오카 | 후쿠오카 공항 | 주 5~7회[5] | |||
| 삿포로 | 신치토세 공항 | 일 1회 | |||
| 오키나와 | 나하 공항 | 일 1회 | |||
| [[대만|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 타이베이 | 타이완 타오위안 국제공항 | 일 1회 | ||
| [[태국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 방콕 | 수완나품 국제공항 | 일 1회 | ||
| [[필리핀|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 세부 | 막탄 세부 국제공항 | 일 1회 | ||
| 클락 | 클라크 국제공항 | 주 4회 | |||
| [[베트남|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 다낭 | 다낭 국제공항 | 일 1회 | ||
| 나트랑 | 깜라인 국제공항 | 일 1회 | |||
| [[말레이시아|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | | | | ||
| [[인도네시아|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | | | | ||
| [[미국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 괌 | 안토니오 B. 원 팻 국제공항 | 주 4회 | ||
| 대구(TAE) | [[대만|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 타이베이 | 타이완 타오위안 국제공항 | 일 1회 | |
| 제주(CJU) | [[중국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 상하이 | 상하이 푸동 국제공항 | 일 1회 | |
| 시안 | 시안 셴양 국제공항 | 주 2회 | |||
| 무안(MWX) | [[일본|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 도쿄 | 나리타 국제공항 | [12/2S~] | |
| 오사카 | 간사이 국제공항 | [12/2S~] | |||
| [[대만|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 타이베이 | 타이완 타오위안 국제공항 | [12/2S~] | ||
정기 취항지는 대한민국 인천국제공항을 기준으로→ 마카오, 타이페이(타오위안), 괌, 방콕(수완나품), 세부, 클락, 코타키나발루, 삿포로(신치토세), 도쿄(나리타), 오사카(간사이), 오키나와(나하), 기타큐슈, 후쿠오카, 다낭, 등으로 근거리 동북-동남아시아 지역 중심으로 운항하고 있다.
방콕행은 진에어 최초 개통 국제선으로 001편을 부여하였고 귀국편은 002편이다.
부정기편으로는 양양국제공항을 기점으로 중국 여러 도시에 3달씩 띄우다가 사드 논란 이후로는 완전히 중단했다. 간혹 중국 지역에 인천에서 출발하는 부정기 노선을 운영했다.
2019년부터는 저비용 항공사 중 최초로 중부, 남부유럽 노선인 헝가리 부다페스트, 루마니아 부쿠레슈티, 세르비아 베오그라드, 몬테네그로 포드고리차 등 노선을 확대할 계획이었으나, 코로나바이러스감염증-19로 사실상 무산되었다.
2023년 12월 21일, 대한항공 측에서도 진에어와 함께 제주-일본 직항 노선을 2024년에 개설한다고 밝혔다.#
3. 이전 운항 노선
2015년 10월 말 인천-나가사키 노선을 단항했으며 2015년 11월 26일에 부산-다낭을 매일 운항한다.[11]2015년 12월 1일부터 인천-칼리보 국제공항 구간을 월요일 제외 주 6회 운항한다. 편명은 LJ027/LJ028. 하지만 얼마 안 가 단항되었다.
2015년 12월 1일부터 인천-하노이 구간을 매일 운항한다.[12] 편명은 LJ057/LJ058이다.
2015년 12월 19일에 주 5회 호놀룰루편 취항 개시로 국내 LCC 노선 중에서 최장거리 노선이다. LJ601/LJ602.
2016년 6월 9일부터 인천-사이판을 매일 운항한다. 제주항공에 이어 2번째로 괌, 사이판에 모두 취항하는 항공사가 되었다.
2016년 12월 14일부터 저비용 항공사 최초로 호주 케언즈로 가는 직항 노선을 개설한다. LJ659 / LJ660. 2017년 2월 4일, 약 2개월 간의 운항을 끝으로 단항했다.[13] 2017년 12월 22일부터 2018년 1월 30일까지 다시 운항을 재개했다.
2018년 1월 2일 인천-조호루바루 노선에 취항했다. 이번 말레이시아 조호루바루 정기 취항은 국내 항공사로는 최초로 아시아나항공이 비정기편으로 운영한 적이 있다. 주 2회 (화요일, 금요일) B777-200ER로 운항하고 있으며 조호루바루는 싱가포르 옆 도시로 차로 20-30분 거리에 있는 말레이시아의 대표적인 휴양도시이며 싱가포르 관광 수요도 노리는 셈이다.
2018년 하계 스케줄부터 인천-사이판 노선이 운휴되었다.
2024년 9월에 김해-나고야 노선에 취항했지만, 단 1달만인 10월에 바로 단항시켜 버렸다.
[1] 적잖은 상용 고객의 반발을 무릅쓰고, 아시아나항공은 이 노선에서 철수하고 대신 에어부산에 코드셰어로 떠넘겼기 때문이다. 모기업과도 경쟁해야 했던 진에어와는 사뭇 다른 처지다.[2] 목적지 공항 도착 후 기내에서 국내선 최다 노선을 운항한다고 홍보한다.[3] 예전에 철수한 김포-김해 노선에 재취항하고, 여수, 울산, 포항, 대구 같은 지방 공항을 공략하기 시작하였다.[4] 2024년 12월 19일 신규 취항[5] 수요에 따라 유동적[6] 취항 예정?[7] 2025년 취항 예정[12/2S~] 2024년 12월 2일 부터 매일 취항[12/2S~] 2024년 12월 2일 부터 매일 취항[12/2S~] 2024년 12월 2일 부터 매일 취항[11] 부산 출발 18:05-20:45 다낭 도착/부산 도착 01:15-07:05 다낭 출발.[12] 인천출발 10:45-13:15 하노이 도착 / 하노이 출발 14:25-20:30 인천 도착.[13] 애초에 추운 겨울에 따뜻한 남반구로 여행가는 수요를 잡으려는 목적으로 개설한 노선이다.