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• 이 문서는 최대한 물리서적판에 실려있는 순서대로 나열한 것이므로 실제 작중 시간대 순서와는 맞지 않음.
• 미수록 에피소드는 아직 정리 하지 않음.
• 미정발 에피소드의 경우에는 일본어는 고유명사가 아니면 번역, 영어는 그대로 읽는걸 원칙으로 함.

1. 1부 : 네오 사이타마의 불길 (NEO-SAITAMA IN FLAMES)

1.1. 1권

• 제로 탈러런트 산수화 (Zero Tolerant Sansui)
  
  천신만고 끝에 스승인 드래곤 겐도소의 해독제를 찾아낸 닌자 슬레이어. 하지만 어둠의 조직은 방심할 틈 없이 그를 조여온다. 스승에게 돌아가는 닌자 슬레이어를 노리는 소우카이 신디게이트의 자객, 미니트맨. 닌자 슬레이어는 이 위기를 벗어날 수 있을까? 닌자X트위터X소설, 대망의 스타트!
  
  기념비적인 닌자 슬레이어의 첫 에피소드.[1] 닌자 슬레이어 vs 미니트맨. 책 시작부터 지난 회까지의 줄거리가 뜨면서 갑자기 사건의 중심부로 들어서는 스토리로 당황할 독자 제형이 많겠지만 시계열 따위 상관하지 않는 이 작품 특성상 읽다 보면 그런 사소한(?) 문제 따위 신경 쓰지 않게 될 것이다. 알겠지?앗예
• 베인 오브 서펜트 (Bane of Serpent)
  
  네오 사이타마의 부패를 폭로하는 프리 저널리스트인 낸시 리. 오늘도 범죄조직의 어둠을 파헤치기 위해 동료기자들과 잠입을 시도한다. 그러나 현장에 있던 것은 이미 사망한 동료와 검붉은 닌자! 그러나 살인범을 피해 도망치던 낸시 리의 앞에 등장한 것은... 또다른 닌자! 그리고 죽은 동료가 남긴 정체불명의 문구 '타누키'란..?
  
  닌자 슬레이어의 중요한 협력자인 낸시 리의 첫 등장. 닌자 슬레이어 vs 코카트리스.
• 네오 야쿠자 포 세일 (Neo-Yakuza for Sale)
  
  네오 사이타마의 어둠을 장악한 닌자조직, 소우카이 신디게이트. 그리고 그들과 협력관계에 있는 요로시상 제약. 그들의 어두운 비지니스가 지금 막 시작된다...
  
  라오모토 칸의 지시를 받고 휴지슈리켄과 어스퀘이크가 드래곤 도조를 습격하러 나선다. 이후 스토리는 '디 에프터매스', '서프라이즈드 도장' 편으로 이어진다.
• 메니스 오브 다크닌자 (Menace of Darkninja)
  
  스승인 드래곤 겐도소에게 무사히 해독제를 전한 닌자 슬레이어. 하지만 소우카이야의 위협은 끝이 아니었다! 그들을 찾아온 소우카이야의 최고전력 다크닌자. 압도적 실력을 자랑하는 그의 카라테에서 살아남아야 한다! 분노하는 닌자 슬레이어의 몸에 광기가 차오른다!
  
  닌자 슬레이어 vs 다크닌자, 유카노의 첫 등장과 드래곤 겐도소의 첫 등장과 동시에 죽음.
• 킬존 스모토리 (Kill-Zone Sumotori)
  
  폐허가 된 거대쇼핑몰 코케시마트의 지하. 현재 이곳은 야생화된 바이오스모토리를 사냥하는 유희시설 킬 존 스모토리가 되어 카치구미[2]들의 합법적 살육을 허락하는 곳이다. 오늘도 이곳에서 스모토리를 사냥하는 사라리맨 사토와 나가무. 경기가 종료되고 다시 1층으로 복귀하려던 두 사람은 바리키 오버도즈로 인한 착시현상으로 인해 지하 13층에 도착하게 되고 그곳에 펼쳐진 광경은...
• 킥아웃 더 닌자 머더퍼커 (Kickout the Ninja Motherfucker)
  
  카치구미 사라리맨의 자녀로 살아가는 긴이치. 무한경쟁사회에 피폐해진 그는 부모 몰래 오락실에서 스트레스를 해소한다. 그런 그에게 나타난 수수께끼의 미소녀 이치지쿠. 그녀와 함께 라이브하우스에서 일탈을 즐기던 그의 눈 앞에 나타난 것은... 아이에에에에?! 닌자?!
  
  이야기는 두 가지 시점으로 진행된다. 긴이치의 시점에서 진행되는 부분과 '요타모노'를 접수하기 위해 소우카이야의 닌자 아고니를 고용한 야쿠자 타메지마의 시점. 두 시점은 요타모노에서 접점을 이루며 이후 닌자 슬레이어의 엔트리로 마무리 된다.
• 어포칼립스 인사이드 테인티드 소일 (Apocalypse inside Tainted Soil)
  
  에도시대부터 감기약을 만들어온 유수의 거대제약회사 요로시상. 하지만 그 실체는 각종 말법적 생체실험도 마다하지 않는 암흑메가코퍼레이션이었던 것이다! 그런 그들이 비밀리에 클론 맙포[3] 도입을 시도하려고 한다. 네오 사이타마의 치안을 위해 반드시 이를 막아야 한다! 가라, 닌자 슬레이어!
  
  포레스트 사와타리를 비릇한 서바이버 도죠의 첫 등장.
• 레이지 어게인스트 두부 (Rage Against Tofu)
  
  불의의 사고로 두부공장에서 쫓겨난 시가키 사이젠. 산수화 화가로써의 꿈도 저버리고 오늘도 마케구미[4]로써 하루하루 근근히 살아가고 있다. 그런 그에게 들려온 두부공장 습격 계획. 그리고 그들을 이끄는 휠체어를 탄 불쌍한 남자 비홀더. 이왕 부술거라면 철저히 부수고 돈을 챙겨가겠어! 하지만 시가키의 생각과는 전혀 다른 방향으로 사태가 흘러가는데...
  
  닌자 슬레이어 vs 비홀더.
• 서프라이즈드 도장 (Surprised Dojo)
  
  목적도 없이 복수만을 위해 살아가는 공허한 닌자 슬레이어를 받아 준 노사 드래곤 겐도소. 하지만 너무나도 위험한 닌자 소울을 가졌던 닌자 슬레이어는 진정으로 그의 제자는 될 수 없었다. 그러던 어느 날 찾아온 소우카이야의 습격. 분노한 닌자 슬레이어의 뉴런에 어두운 목소리가 들려온다!
  
  닌자 슬레이어 vs 휴지 슈리켄, 어스퀘이크.
  여담으로 이 에피소드는 아직 설정이 잡히지 않은 극초창기에 쓰여진 에피소드로 예상되는데, 예를 들면 사람들이 휴지 슈리켄과 어스퀘이크를 보고 '닌자다...' 라면서 피하기는 하지만 NRS 등의 발광은 하지 않는다던가, 휴지 슈리켄의 이름이 '수리켄'이 아니라 '슈리켄'으로 되어있거나, 후지키도가 휴지 슈리켄을 카이샤쿠하며 '사요나라!' 라고 외치는 등[5] 현재 설정과 상충되는 부분들이 많기 때문.
• 라스트 걸 스탠딩 (Last Girl Standing)
  
  교토에서 전학 온 소녀 야모토 코키. 사실 그녀는 우연한 계기로 닌자 소울이 빙의된 뉴비 닌자였다. 내면의 닌자 소울의 폭력성을 억누르며 친구들을 사귀고 평화로운 나날을 보내던 그녀에게 소우카이야의 사악한 손길이 뻗쳐온다. 그녀는 이 위기에서 벗어날 수 있을 것인가?
  
  평탄 여고생 휘-히히히! 야모토 코키의 첫 등장. 닌자 슬레이어 vs 소닉 붐.
• 피스트 필드 위드 리그렛 앤드 오하기 (Fist Filled With Regret and Ohagi)
  
  스승 드래곤 겐도소의 유언을 지키기 위해 그의 손녀인 유카노를 찾는 닌자 슬레이어. 하지만 다크닌자와의 싸움에서 입은 상처가 컸던 닌자 슬레이어가 도착한 곳은 어느 부랑자 집단. 그곳에서 만난 부랑자 집단의 보디가드 사카키 와타나베. 가족의 얘기로 서로의 아픔을 공유하던 그들을 갑자기 덮친 불량소년 무리들. 그리고 사카키의 몸에 이변이 일어난다!
  
  닌자 슬레이어[6] vs 인터럽터[7], 워록.
• 본 인 레드 블랙 (Born in Red Black)
  
  네오 사이타마의 말법적 광기에도 휩쓸리지 않던 평범한 소시민 후지키도 켄지. 아내 후유코와 아들 토치노키와의 소소한 일상 속에서 그는 행복을 느끼고 있었다. 그날, 크리스마스 이브의 마루노우치 스고이 타카이 빌딩에서도 그랬을 것이다. 아니, 그래야만 했다...
  
  시간 순서상 첫 에피소드이자 닌자 슬레이어의 탄생을 그린 중요한 에피소드. 트위터 연재분이 아니라 물리서적판 특전 형식으로 추가된 에피소드이었으나, 2024년에 공식 번역팀과 카도카와에서 닌자 슬레이어 15주년 기념으로 공개하였다. 전편/후편

1.2. 2권

• 펑키치 하이웨이 번아웃 (Punkichi Highway Burnout)
  
  사소한 오타로 야쿠자 클랜에서 케지메를 당하고 실업자가 된 나보리. 어느날 나타난 닌자 스머글러와 함께 그는 코케시 마트를 털게 된다. 하지만 나보리는 점점 무리한 부탁을 강요받는데...
  
  물리서적 한정 에피소드. 나보리 도크와 모나코 커플은 이후 3부에서 재등장하며 활약 한다.
• 챠부 도메인 카니지 (Chab-Domain Carnage)
  
  다크닌자가 드래곤 도죠를 습격한 이후 행방불명된 유카노의 행방을 쫓는 닌자슬레이어. 그는 와타나베=상-인터럽터의 유언대로 유카노의 소재를 파악하기 위해 스모 바 '챠부'의 마이니치=상을 만나러 간다. 하지만 마이니치=상은 돌연히 발작적인 언동를 보이며 채 그에게 총을 겨누고, 닌자슬레이어는 반사적으로 그를 살해하고 만다, 그리고 다음 순간, 챠부에 있는 전원이 마이니치=상과 같은 증상을 보이며 그에게 달려들었다! 지금, 이 챠부는 츠키지와 같은 살육장으로 돌변한 것이다!
• 유령 댄싱 온 더 콘크리트 묘지 (Yu-Rei Dancing on the Concrete Hakaba)
  
  닌자 슬레이어는 악몽에 시달리며 괴로운 나날을 보낸다. 한편 낸시 리는 소우카이야와 오무라 인더스트리의 어두운 접점을 찾아내기 위해 단독으로 첩보활동을 실시한다.
• 스시 나이트 앳 더 바리케이드 (Sushi-Night at the Barricade)
  
  드래곤 겐도소의 손녀 유카노를 추적하던 닌자슬레이어는 잇키 우치코와시라는 혁명집단과 조우하게 된다. 그곳에서 유카노를 만나게 되지만, 그녀는 모든 기억을 상실한채 앰니지어라는 이름으로 잇키 우치코와시의 일원이 되어 있었다. 한편 유카노와 약혼을 나눈 사이라고 주장하는 랩쳐라는 남자의 정체는?
• 후지 선 라이징 (Fuji Sun Rising)
  
  카이즈마 간장 코퍼레이션의 경영자 딘타키 카츠마는 네오사이타마로 향하는 비행기에 오른다. 하지만 갑작스럽게 나타난 닌자 테러리스트 사보터에게 붙잡혀 회사의 경영권을 포기할것을 강요받는다. 미리 잠입해 승무원으로 위장한 낸시 리는 딘타기 회장의 신변을 지키기위해 고군분투하지만, 결국 닌자인 사보터에겐 대항할 방도 없이 포박당하고 말고, 사보터는 기내에 설치해 둔 폭탄을 작동시키기 시작한다! 무수한 승객들이 생명을 위협받는 이 상황, 허나 구름 위를 가로지르는 이 비행기에서 과연 '그'가 나타날 방도는 있는 것인가?! '지옥의 사냥개가 따라붙는다, 네가 용서받는 일은 없으리라!'
  
  닌자 슬레이어 vs 사보터.
• 디 애프터매스 (The Aftermath)
  
  반자이 뉴크의 폭발에 휩쓸려 죽은 줄로만 알았던 닌자 슬레이어와 드래곤 겐도소, 하지만 그들은 죽지 않았다! 찰나의 순간 토둔 짓수를 이용해 땅 밑으로 파고들어 살아남은 것이다! 그러나 드래곤 겐도소에게 걸린 안타이 닌자 바이러스 '타케우치'는 그의 몸을 천천히 좀먹어가고. 설상가상으로 소우카이야의 닌자 건틀릿과 센티피드가 드래곤 도죠를 습격하는데...!
  
  서프라이즈드 도장 직후의 이야기.
• 어 카인드 오브 살벌 나이트 (A Kind of Satz-Batz Night)
  
  닌자슬레이어에게 추격당하는 소우카이야의 말단닌자 레오파르트. 그의 생존을 위한 처절한 도주극이 시작된다.
  
  소우카이야의 닌자 레오파르트가 닌자 슬레이어에게 일방적으로 추격당하는 에피소드. 레오파르트가 닌자가 되는 과정과 그 이후의 이야기를 다룬다.
• 앳 더 트리즈너즈빌 (At the Treasonersvill)
  
  혁명조직 '잇키 우치코와시'는 기존의 사회에 대한 진보적 혁명을 위해 하루가 멀다하고 투쟁을 계속한다. 행방이 묘연했던 드래곤 겐도소의 손녀 유카노는 '앰니지어'로서 과거의 자신과 절연한 채 이 조직에 계속 몸을 담으려 한다. 닌자 슬레이어는 스승인 겐도소의 '유카노를 부탁한다'는 마지막 유언에 따라 잇키 우치코와시라는 조직이 어떤 조직인가를 확인하고자 직접 조직을 방문한다. 이윽고 잇키 우치코와시의 닌자 '플릭샷'은 유치원 소풍회로 위장한 소우카이야의 화물수송열차를 습격하게 되는데...
  
  후지키도 켄지가 드래곤 겐도소의 손녀 유카노를 추적하는 에피소드. 본편에서 등장하는 조직 잇키 우치코와시의 두령 '버스터 테츠오'가 처음으로 언급된다.
• 스완 송 성 바이 어 페이디드 크로우 (Swan Song Sung by a Faded Crow)
  
  프리랜서 닌자 실버 카라스는 새로이 개발된 각종 살인병기의 테스트(츠치키리)를 맡는 묻지마 살인이 일상이 된 닌자다. 어느날처럼 신 무기 테스트를 마치고 집으로 돌아가는 실버 카라스는 코인세탁소에서 정체불명의 여고생을 만나게 된다.
  
  야모토 코키의 두번째 등장. 실버 카라스에게 기본적인 가라테와 이아이도를 전수받는다. 초인적인 닌자라도 병마나 폐암같이 결국 안 되는 건 안 된다는 걸 보여주는 에피소드. 헤즈들에게 무척 인기가 많은 에피소드임에도 코믹스에는 생략되었기에 아쉬워하는 목소리가 많다.
• 글랜스 오브 머더커스 (Glance of Mother-Curse) #1
  
  밤 거리를 지나가던 후지키도 켄지는 어느 늙은이에게 고민이 많아 보이니 점을 보고 가는게 어떻냐는 제안을 받는다. 무심코 노인을 따라간 후지키도는 빈틈없는 경계에도 불구하고 노인의 함정에 빠지고 마는데...
  
  해당 에피소드는 3편에 걸쳐 전개되며 2부에서 완결이 난다. 마지막 #3 편은 2부의 일부 에피소드와 깊은 관련이 있는 에피소드이기 때문에 이 점을 유의.
• 오우거 더 콜드 스틸 (Ogre the Cold Steel)
  
  오무라 인더스트리는 신형 전투로봇 '모터 도쿠로'의 정식 채택을 위해 네오 사이타마의 시경들을 불러모아 시연회를 가진다. 하지만 이 과정에서 '오오누기 정크 클러스터 야드' 지역의 주민들과 마찰을 빚게 되고, 오무라 인더스트리는 모터 도쿠로의 시연을 빙자한 무자비한 폭동진압을 자행한다.

1.3. 3권

• 어트로시티 인 네오 사이타마 시티
  
  닌자 슬레이어는 반자이 뉴크의 공격으로 사망했다. 더 이상 닌자의 만행을 막을 자는 없다. 킬 엘리펀트 클랜에 말도 안되는 세금을 요구하는 소우카이야의 말단 닌자 버글러. 아무리 말단이라 해도 인간이 닌자에게 이길 리가 없다. 킬 엘리펀트 클랜의 경영자 야마히로가 버글러에게 일방적으로 얻어터지던 중, 갑자기 창문을 깨고 누군가가 나타나는데...
  
  야쿠자텐구의 첫 등장 에피소드.
• 메리 크리스마스 네오 사이타마
  
  말법세계를 본뜬 듯한 근미래도시 네오 사이타마 역시 크리스마스 이브만큼은 축하의 무드로 가득하다. 하지만 마루노우치 스고이타카이 빌딩의 옥상에서 닌자 슬레이어는 슬픔에 잠긴다. 그에게 오늘은 처자식의 1주기인 것이다. 닌자 슬레이어는 닌자에 대한 복수와 살육을 다시 결의한다. 한편 네오 사이타마 시경의 중진(重鎮), 호타카와 이노우에가 잇따라 사고사한다. 이들은 동지인 옛 전설적 데커 노보세와 함께 요로시상 제약과 네코소기 펀드가 획책하는 클론 맙포화 계획을 완고히 반대해왔던 경력이 있다. 이들의 죽음은 결코 사고가 아니다. 증거 없는 암살인 것이다!
• 원 미닛 비포 더 타누키
  
  겐도소에게 걸린 안타이 닌자 바이러스 '타케우치'의 백신을 구하기 위해 닌자슬레이어와 해커 낸시 리는 요로시상 제약을 수색한다. 하지만 해커닌자 다이달로스에게 비밀회담이 간파되어 방해를 받게 되고, 두 사람은 다시 시간과 장소를 잡아 재회하기로 약속하는데...
• 에버 펠트 치티드
  
  평범한 대학생 나라키는, 마음 속으로 동경하고 있는 마나메란 여성과 좀 더 친밀한 관계가 되기 위해서, 마루노우치에서 열리는 시위 행진에 참가하게 되었다, 한편, 잇키 우치코와시의 폭력적인 닌자 본질을 꿰뚫어 본 닌자 슬레이어는, 그 조직의 전투 요원으로써 세뇌된 유카노, 즉 앰니지어에게 마지막으로 설득을 시도해 보기 위해여, 역시 마루노우치를 향하였다. 무력투쟁조직 잇키 우치코와시가 이번 시민들의 시위 행진을 이용하기 위해 나타날 거라는 건 명백한 일이였기에, 그리고 시위 당일.......나라키는 시위에 참가한 학생의 목을 꿰뚫는 화살과, 그것을 계기로 시위 현장이 폭력과 투쟁의 아비 인페르노로 변해가는 순간을 목격하게 되었다.......오오, 잇키 우치코와시, 앰니지어의 화살로 인해서!
  
  물리서적 한정 에피소드. 기억을 잃은 유카노가 '앰지니어'로서 잠시 대학생으로 위장했던 때를 다룬다.
• 컨스피러시 어폰 더 브로큰 블레이드
• 네크로맨틱 피드백
• 스트레인저 스트레인저 댄 픽션

1.4. 4권

• 데드 문 온 더 레드 스카이
• 트레져 에브리 미팅
  물리서적판 한정 에피소드. 야모토 코키와 제노사이드의 첫 만남을 다룬다.
• 코로스 오블리비언
  물리서적판 한정 에피소드.
• 바이오테크 이즈 츄파카브라
• 머신 오브 벤전스
  
  흉악집단 '요코하마 로프웨이 클랜'과 불법약물 멘 타이를 거래하러 온 소우카이야의 닌자 아슨. 아슨은 거래를 마친 후 문양 택시를 타고 토코로자와 필라로 돌아가려 하나, 뜻밖에 택시를 운전하던 것은 닌자 슬레이어였고 택시는 순식간에 관짝을 방불케 하는 달리는 지고쿠 헬로 변했다!
  
  코믹스판에서는 첫 에피소드로 수록. 불법 약물 '멘타이'의 가격이 오른것에 대해 강한 불만을 표시하는 흑인 야쿠자 클랜 '요코하마 로프웨이 클랜'의 스미스 일당을 제압하고 복귀하는 화둔닌자 아슨을 닌자 슬레이어가 습격하는 에피소드. 이후 오무라 인더스트리 소속 닌자 클라우드 버스터와도 대결한다.
• 네오 사이타마 인 플레임즈
  최종결전. 닌자 슬레이어 vs 라오모토 칸
  1부의 에피소드들 중에서도 가장 방대한 분량을 자랑한다.

1.5. 단행본 비수록 에피소드

• 백 인 블랙[8]
  닌자 슬레이어 프롬 애니메이시욘의 오프닝 곡 Back in black이 결정되면서 해당 테마로 연재 된 에피소드. 서프라이즈드 도죠에서 언급된 드래곤 겐도소와 유카노, 그리고 닌자 슬레이어의 첫 대면을 다루고 있다. 닌자 슬레이어 킬즈에서도 연재.

• 데이 오브 더 랍스터[9]
  헤즈들을 실금케 만든 꼴사나운 에피소드. 시계열로 보면 1부 서프라이즈드 도장 에피소드 이후다. 단편으로, 이름처럼 요로시상 제약의 바이오 닌자 랍스터와 싸우...는 내용이 되어야 했겠지만, 별 설명도 없이 야쿠자 클랜에게 구속당한 낸시 리, 닌자 슬레이어가 엔트리하자마자 10트윗도 못채우고 폭발사산하는 랍스터, 랍스터의 무의미하고(양 손이 집게라는 점을 전혀 어필하지 못한다) 조잡한 디자인, 뜬금없는 폭발 엔딩까지 워낙 한심한 내용이었기에 고스트 라이터 설까지 돌 정도였다. 덕분에 물리서적판에는 미수록. 하지만 랍스터는 컬트적인 인기를 얻고 랍스터가 등장하는 '데이 오브 더 랍스터 2'가 등장하기도 했다.
  
  ...그리고 어째서인지 애니메이시욘 12화에서 '데이 오브 랍스터'와 '데이 오브 랍스터 2'가 전부 등장, 그것도 다크 닌자에 대한 떡밥이 제시되는 중요한 에피소드인 '컨스피러시 어폰 더 브로큰 블레이드'와 묶여서다. 너희들은 대체 뭘 만들고 싶은 거야

• 디스트로이 더 쇼기 바스타드[10]
  
  이 곳은 위법도박시설이자 야쿠자들의 사교장이기도 한 '츠쿠츠쿠', 소우카이 신디케이트의 수하에 있는 이 퇴폐적인 노름판에는 두 가지 암묵적으로 금지 된 것이 있다.
  
  
  첫번째는 '속임수를 쓰지 말 것', 만약 속임수를 쓴 걸 들킨다면 곧바로 소우카이야의 야쿠자에게 끌려가 공개처형장에서 괴물 바이오 소와 승산없는 투우 쇼를 벌이다 결국 네기토로 같은 실제 참혹한 시체가 되게 되겠지.
  
  
  그리고 두번째는 '10억엔 이상을 벌려 들지 말 것'. 이것에 성공해 버린 야쿠자는, 설령 그것이 스스로의 운과 실력으로 벌어들인 것이라 할 지라도 영락없이 사기꾼 취급을 받고 역시 처형장으로 끌려게 되고 만다. 그렇기에 이곳에 오는 리얼 야쿠자들은 지나치게 이기려 들지도 않고, 눈에 띄려 하지도 않으며 마치 초식동물처럼 길들여 져 왔다.
  
  
  그러나 그럼에도 불구하고 헌팅 캡을 쓰고 트렌치 코트를 걸친 이 젊은 야쿠자는 스모 슬롯머신을 마구 돌려 대면서 압도적인 동체시력으로 연이어 당첨을 따내 결국 10억엔 이상의 배당금을 획득하고 말았다! 오오, 이 무슨 자살행위!
  
  
  ........................잠깐, 헌팅 캡과 트렌치 코트? 고, 고우랑가! 우리는 이 야쿠자를 알고 있다! 아니, 이 살의에 가득찬 눈빛과 얼굴을 알고 있다!

• 가이디드 바이 마사시[11]
  물리서적 2권 발매 기념 번역 에피소드. 애니메이시욘 블루레이 3권에 물리서적으로도 수록되었다. 라오모토 칸이 난반&카로우시를 얻게 된 경위를 다룬다.

2. 2부 : 교토 헬 온 어스 (KYOTO HELL ON EARTH)

2.1. 1권 : 자이바츠 강습! (Shadow of Zaibatsu)

• 론섬 파인 앤 투 닌자즈 (Lonesome Pine and Two Ninjas)
• 킥스타트 어 뉴 데이 (Kickstart A New Day)
  물리서적판 한정 에피소드. 서적판 2부의 시작을 알리는 에피소드로, 트위터에서 연재하였던 '웰컴 투 네오 사이타마'의 후지키도 사이드를 대폭 가필하여 독립 에피소드로서 완성하였다.
• 머메이드 프롬 블랙워터 (Mermaid from Blackwater)
• 리키샤 디센트 알고리즘 (Rickshaw Discent Algorithm)
• 온 더 엣지 오브 더 휠 오브 브루탈 페이트 (On the Edge of the Wheel of Brutal Fate)
• 소드 오브 더 비트레이어 (Sword of the Betrayer)
  물리서적판 한정 에피소드. 닌자 슬레이어가 갑자기 나타난 자이바츠 섀도우 길드와의 싸움에 몸을 던지고 있었던 무렵, 소우카이야를 배신한 다크 닌자가 이번엔 자이바츠의 일원으로서 정식으로 인정받기 위해 교토 공화국에서의 첫 미션에 나서는 이야기를 다룬다.
• 씨 노 이블 닌자 (See No Evil Ninja)
• 웰컴 투 네오 사이타마 (Welcome to Neo-Saitama)
  시점은 1부 종료에서 겨우 3분 후. 물리서적판에선 대규모 가필 수정이 이루어졌으며, '킥스타트 어 뉴데이', '웰컴 투 네오 사이타마'의 2편으로 분할되었다. 따라서 트위터 연재판과는 차이가 크다.

2.2. 2권 : 게이샤 위기일발! (Ninja and Geisha)

• 모탈 닌자 레지스터 (Mortal Ninja Register)
  
  안개비가 내리는 어느날의 가이온 공항. 정체불명의 컨테이너를 실은 트레일러가 지도에도 없는 정체불명의 터널을 통과한다. 도착한곳은 위장용 영구차들로 가득했고, 컨테이너에는 자이바츠 쉐도우길드가 밀수한 돈세탁을 기다리는 코베인(금괴)들로 가득차 있었다. 하지만 컨테이너 위에는 불청객이 숨어 있었던 것이다. 그 불청객의 정체와 목적은...?
  
  네오 사이타마의 소우카이야를 무찌른 닌자 슬레이어가 마루노우치 스고이타카이 빌딩 항쟁사건 당시 연루된 자이바츠 소속 닌자 14명을 추격하는 에피소드.
• 게이샤, 카라테, 신칸센, 앤 헬 (Geisha, Karate, Shinkansen, and Hell)
  닌자 슬레이어가 교토로 향하는 신칸센을 타면서 벌어지는 에피소드.
• 크라이 하복 벤드 디 엔드 (Cry Havoc Bend the End)
• 라이즈 오브 아마쿠다리 (Rise of Amakudari)
  물리서적판 한정 에피소드. 라오모토 칸의 사후, 홀로 남겨진 라오모토 치바가 오니야스 카네코(네버모어)를 비롯한 극소수의 측근만을 데리고 후계자 후보인 그를 죽이려는 이복형제의 자객으로부터 도망치다 아가멤논과 처음 조우하는 이야기를 다룬다. 시계열 상으론 2부 극초반에 해당되나 스토리 자체는 3부와 깊은 관련이 있다.
• 웨이팅 포 마이 닌자 (Waiting for My Ninja)
  닌자 슬레이어와 야모토 코키의 재회, 네더퀸의 첫 등장.
• 데스 프롬 어버브 세키바하라 (Death from Above Sekibahara)
  
  자이바츠 그랜드마스터 이그조스천의 비열한, 그러나 압도적인 이쿠사 앞에 패배한 닌자 슬레이어는 옛 전쟁터 세키바하라에 끌려와 책형대에서 고문을 당하고 있었다. 역시 나라쿠가 깨어나지 않은 지금의 상태에서는 그랜드마스터에게 이기는 것은 불가능한 것인가...? 극심한 굶주림, 햇빛, 고독으로 인해 궁지에 몰린 닌자 슬레이어를 구하기 위해 타카기 간도는 달린다! 한편 이그조스천은 학자 우미노 스도의 회유에 성공해 삼종신기의 비밀을 캐내려 하고 있었다. 그 이면에 있는 것은 자이바츠에서 지위를 높이고 있는 다크 닌자에 대한 불신. 귀족주의에 심취한 그에게 있어서, 굴러들어온 돌이 뉴 월드 오더에 관여하는 것은 논외인 것이다. 2주 남짓에 걸친 고문 끝에 마침내 이그조스천은 닌자 슬레이어의 처형을 결정한다......! 원한이 소용돌이치는 세키바하라. 상대는 그랜드마스터 위계에 부끄럽지 않은 확고한 실력자, 이그조스천! 황야의 스톤헨지를 배경으로 닌자 세계의 정상결전의 막이 지금 오른다!
  
  닌자를 죽이는 닌자로서 후지키도 켄지에게 인간성이 갖는 의미와 그 인간성이 이그조스천과의 이쿠사 배틀에 끼친 영향을 보여준 에피소드. 그야말로 새옹호스, 인과응보.
  중간에 고사기에서 아이사츠 전에 단 한 차례의 앰부쉬가 허용된 유래에 대한 우화가 소개된다.

2.3. 3권 : 황야의 세 닌자 (Three Dirty Ninja-Bond)

• 블레이드-야쿠자 베이컨트 벤전스 (Blade-Yakuza Vacant Vengeance)
• 비욘드 더 후스마 오브 사일런스 (Beyond the Fusuma of Silence)[12]
• 튜브드 참치 라이프사이클 (Tubed Maguro Lifecycle)
• 피지션, 힐 유어 셀프 (Physician, Heal Yourself)
• 나이트 에니그마틱 나이트 (Night Enigmatic Night)
  
  진학교 시노노메 하이스쿨에 다니는 소년 나부나가 레이지는, 아버지를 과로사로 잃은 후 열악한 생활환경에 대한 불만을 암흑 하이쿠로 풀어내는 보잘것없는 나날을 보내고 있었다. 허무한 세계에 절망해 닌자 세션과 암흑 하이쿠로 도피하는 그에게 수수께끼의 남자, 닥터 하이쿠의 IRC 메일이 도착한다. 레이지는 이에 희미한 희망을 걸고 언더 가이온으로 향하는데...
• 펠 어 슬립 인 더 무빙 코핀 (Fell Asleep in the Moving Coffin)
  물리서적판 한정 에피소드.
• 쓰리 더티 닌자-본드 (Three Dirty Ninja-Bond)
  
  교토 와일드니스의 오타카라 마을을 습격한 정체불명의 도적단. 그들은 스스로를 서바이버 도죠라고 칭한다. 마을에서 겨우 도망친 와타아메는 옆마을에서 즘비 닌자 제노사이드를 만나게 되고, 도움을 요청한다. 그리고 서바이버 도죠라는 말을 듣자 나오는 것은... 나무삼! 포레스트 사와타리 본인이었다! 서바이버 도죠의 리더인 그가 어째서 이곳에? 둘은 오타카라 마을로 향하며 야영하던 중, 물에 빠진 닌자와 마주치게 된다. 그것은 다크 닌자와의 이쿠사에서 패배하고 강으로 추락했던 닌자 슬레이어. 셋은 함께 오타카라 마을을 구하기로 하는데...
  
  일명 극장판. 2부 최고의 인기를 자랑하는 에피소드 중 하나. 그도 그럴 것이 헤즈들에게 인기있는 제노사이드, 포레스트 사와타리, 닌자 슬레이어 셋이 함께 싸운다는 익스펜더블을 방불케 하는 스토리가 굉장히 반응이 좋다. 코스프레나 우키요에도 실제 많다.

2.4. 4권 : 신성한 쌍절곤 (Nunchaku of Destruction)

• 커스 오브 에인션트 한자, 오어 (더 시크릿 오브 다크닌자 소울) (Curse of Ancient Kanji, or The Secret of Darkninja Soul)
• 시스템 오브 파벌 스트러글 (System of Habatsu Struggle)
  
  압도적인 역량을 지닌 검붉은 닌자와 대치하다 자신의 죽음을 깨달은 데토네이터는 주마등 리콜 현상을 일으키며 지난 9일 간의 일들을 뉴런 속에서 떠올린다.
  
  
  
  
  
  
  자이바츠 섀도우 길드의 파벌들 중에서도 최대 규모를 자랑하였던 이그조스천의 파벌에 속해 자신의 역량을 자부심을 가졌던 데토네이터.
  
  
  그러나 이그조스천이 폭발사산하고 파벌이 해체된 후 그에게 접근하는 파벌은 존재하지 않았다.
  
  
  
  
  
  
  고립되고 초조한 그에게 전해진 것은, 그랜드 마스터들에 의한, 타게다 신겐의 매장금에 얽힌 음모를 암시하는 마키모노 하나.
  
  
  과연 이 마키모노는 구원일까, 혹은 함정일까.
  
  물리서적판 한정 에피소드. 이그조스천의 사후, 그의 파벌에 속하였던 자이바츠 닌자들의 상황과 그랜드 마스터들의 권모술수의 소용돌이에 농락 당하는 가련한 닌자의 최후의 9일을 묘사하였다.
• 디퓨전 어큐뮬레이션 리본 디스트럭션 (Diffusion Accumulation Reborn Destruction)
• (커스 오브 에인션트 한자, 오어) 더 시크릿 오브 다크닌자 소울 (Curse of Ancient Kanji, or The Secret of Darkninja Soul)[13]
• 어웨이크닝 인 더 어비스 (Awakening in the Abyss)[14]
• 섀도우 콘 (Shadow Con)[15]

2.5. 5권 : 피스톨 카라테 결사권 (Reboot, Raven)

• 시즈 투 더 슬리핑 뷰티 (Siege to the Sleeping Beauty)
• 웬 더 선 번즈 레드 (When the Sun Burns Red)
  물리서적판 한정 에피소드. 사악한 자이바츠 닌자 블랙 밴텀이 운영하는 언더 가이온의 녹차원에서 일하는 녹차 잎 따는 노동자 노예 여인과 그런 그녀를 인간 투계의 승리 보상으로서 지목한 전직 프리랜서 야쿠자의 사랑과 탈출기를 다룬다. 이른바 어른의 러브 로맨스 스토리.
• 건틀릿 위드 퓨리 (Gauntlet with Fury)
• 건틀릿 위드 미스포츈 (Gauntlet with Misfortune)
  물리서적판 한정 에피소드. '건틀릿 위드 퓨리'의 에필로그 파트를 대폭 재구성하였다.
• 비거 케이지스, 롱거 체인스 (Bigger Cages, Longer Chains)[16]
• 리부트, 레이븐 (Reboot, Raven)[17]
  
  「REBOOT」 그는 차가운 물에 감싸인 채 비와호수의 밑바닥으로 가라 앉아갔다, 「REBOOT」 망막 디스플레이에서 붉게 점멸되는 그 단어를 바라보며 과거의 일을 떠올리고 있었다. 「REBOOT」 그래, 그것은 10년 전, 스승을 잃고 방향성 없이 탐정사무소를 이어 살아가던 젊은 시절의 타카기 간도에겐, 한명의 조수가 있었다, 「REBOOT」 불우한 환경에서 자라난 시키베 타카코라는 이름의 평범한 소녀와 즈바리 중독의 탐정은 기묘한 공동생활을 꾸리고 있었다...
  
  타카기 간도의 과거사와 죽음과 부활을 다룬 에피소드.
• 글랜스 오브 머더커스 (Glance of Mother-Curse) #3

2.6. 6권 : 참치 앤드 드래곤 (Maguro and Dragon)

• 앳 더 렐름 오브 블랙위치 (At the Realm of Blackwitch)
  물리서적판 한정 에피소드. 모종의 이유로 길드에서 파문된 닌자 블랙 위치를 추적하는 다크 닌자와 오히간에 정통한 닌자 도사 넥서스의 첫 만남을 다룬다.
• 둠즈데이 디바이스 (Doomsday Device)[18]
• 미러 이미지 오브 디스트럭션 (Mirror Image Of Destruction)
  물리서적판 한정 에피소드. 둠즈데이 디바이스의 트위터 연재판에서 다크 닌자 퇴각 후의 후지키도, 간도 시점 파트를 독립하여 단편으로 재구성, 이에 따라 가필 수정도 일부 이루어졌다.
• 리턴 더 기프트 (Return the Gift)
• 오퍼레이션 레스큐 (Operation Rescue)
• 토비게리 버서스 엠니지어 (Tobigeri Versus Amnesia)[19]

2.7. 7권 : 교토 헬 온 어스 (上) (Kyoto: Hell on Earth)

• 더 맨 후 컴스 투 슬램 더 리시그네이션 (The Man who Comes to Slam the Resignation)[20]
• 비포 더 스톰 (Before The Storm)
  물리서적판 한정 에피소드. 모종의 사건으로 친구를 잃은 공대생 '요리코 칸나바라'와 그녀가 조사한 닌자 존재를 은폐하기 위해 감시역으로 보내진 섀도우위브의 이야기를 다룬다.
• 교토 헬 온 어스 : 서 "인텡글먼트"
• 교토 헬 온 어스 : 파 "라이징 타이드 #1"
• 더 버티고 VS 지하과학세계
  
  차원여행자 더 버티고와 여우 우에스기가 떨어진 세계는 절망적인 지하세계. 화성인의 공격으로 인류는 거의 멸망하고 2만명밖에 남지 않았다. 더 버티고와 여우 우에스기는 카라마스 장관의 환대를 받으며, 인류를 배신하고 화성인의 편에 붙은 사악한 슈타인울프가르 박사를 처단하기 위해 떠나는데...

2.8. 8권 : 교토 헬 온 어스 (下) (Kyoto: Hell on Earth)

• 교토 헬 온 어스 : 파 "라이징 타이드 #2"
• 교토 헬 온 어스 : 급 "라스트 스캐터링 서피스"

3. 3부 : 닌자 슬레이어 네버 다이즈 (NINJA SLAYER NEVER DIES)

3.1. 1권 : 비밀결사 아마다쿠리 섹트

• 하운드 오브 닌자 (Hound Of Ninja)
  물리서적판 한정 에피소드. 3부 서적판의 서두를 장식하는 에피소드로, 모종의 이유로 '베인 오브 소우카이야'라 불린 닌자 슬레이어를 추적하는 기자와 그를 고용하고 복수의 기회를 엿보는 닌자의 이야기. 모탈과 닌자의 관점에서 본 수 년의 시간를 거친 마루노우치 항쟁 사건을 비롯한 닌자 진실의 그림자의 일부를 비춘다.
• 홀리 스틱 앤 살딘즈 헤드 (Holly Stick and Sardine 's Head)
  물리서적판 한정 에피소드. 크리스마스 이브의 밤, 후지키도의 앞에 나타난 과거, 현재, 미래를 상징하는 것 같은 3명의 사악한 닌자가 등장하는 이야기인 점에서 크리스마스 캐럴(소설)의 패러디.
• 투 파 투 히어 유어 하이쿠 (Too Far to Hear your Haiku)
• 플래시파이트 런 킬 어택 (Flashfight Run Kill Attack)
• 더 판타스틱 모그 (The Fantastic Morgue)
• 리볼버 앤 쌍절곤(Revolver and Nunchack)
• 사츠바츠 나이트 바이 나이트 (Satz-Batz Night By Night)
• 어 뉴 데이 본 위드 골든 데이즈 (A New Day Born with Golden Days)

3.2. 2권 : 사신의 귀환

• 후 킬드 닌자 슬레이어? (Who Killed Ninjaslayer?)
  
  자이바츠 섀도우 길드와의 이쿠사 배틀을 끝내고 네오 사이타마로 돌아온 후지키도는 그냥 살아있기만 할 뿐인 무기력한 나날을 보내고 있었다. 소우카이야는 멸망했고, 자이바츠도 멸망했고, 다크 닌자도 사라졌다. 이제 후지키도의 복수의 대상은 아무것도 남지 않은 것이다. 에일리어스는 이런 후지키도를 걱정한다. 한편 네오 사이타마의 어디에선가, 자신을 '닌자 슬레이어'라고 지칭하는 한 닌자가 닌자 사냥을 하고 있는데...
  
  닌자 슬레이어 vs 닌자 슬레이어(닌자 킬러)
• 나이스 쿠킹 앳 더 야쿠자 키친 (Nice Cooking at the Yakuza-Kitchen)
• 뉴 메신져 오브 패스트 앤드 퓨쳐 (New Messenger of Past and Future)
  1부의 '라스트 걸 스탠딩'의 후일담인 '뉴 메신저 오브 왓'을 가필 및 재편집한 물리서적 한정 에피소드. 필기아에게 구해진 수어사이드가 주인공으로, 서클 시마나가시가 명명된 이유와 의외의 닌자 진실이 밝혀진다.
• 레플리카 미싱 링크 (Replica Missing Link)
• 어나더 유령 바이 위핑 윌로우 (Another Yu-Rei by the Weeping Willow)
• 언터치드 베이비 앤드 씨 워 몬스터즈
  물리서적판 한정 에피소드. 서바이버 도죠가 주역으로, 사고로 하수도로 흘러들어온 아기와 아이를 임시 보호하는 서바이버 도죠의 우여곡절이 그려진다. 이 이후의 이야기는 10년 뒤인 4부 AoM 시대의 '원스 아포나 타임 인 디 아마존 리버'(플러스 구독 필요, 스포일러 주의)로 이어진다.
• 노 호머 노 서바이브 (No Homer, No Survive)[21]
  
  우연히 아마쿠다리 측에 인감이 누출된 후지키도는 자신에게 불리하게 짜여진 야구 경기에 명예를 실추하지 않기 위해 어쩔 수 없이 참가하게 된다. 상대는 제대로 된 팀, 후지키도는 혼자. 후지키도는 아웃당하거나 출루하면 다음 타자가 없으므로 패배인 상황. 유일한 탈출방법은 홈런 128개를 때려넣고 128-0 스코어를 기록하는 것으로 UNIX를 과부하, 폭파시키는 것 뿐인데...
  
  3부에서 다른 의미로 큰 인기를 얻고 있는 에피소드. 이유인즉슨 내용이 너무 병맛이라... 하지만 오히려 이런 과감함과 미친 내용이 인기를 얻고, 결국 노 호머, 노 서바이브가 수록된 물리서적판에는 타이틀부터 등장, 게다가 책 뒷면에 야구 규칙을 설명하는 부록까지 붙는 등 엄청난 호화 대우(?)를 받았다.

3.3. 3권 : 킬링 필드 살풍경

• 뮤즈 인 아웃 (Muse in Out)
• 원 걸, 원 보이 (One Girl, One Boy)
• 더 블랙 하이쿠 머더 (The Black Haiku Murder)
  물리서적판 한정 에피소드. 강화 두개골 내부에 시키베의 뉴런 칩을 이식한 시절의 디텍티브가 주인공으로, 오이란 만을 연속으로 노린 엽기 살인 사건 '블랙 하이쿠 머더 사건'을 다룬다. 이 이후의 이야기는 4부 AoM 시대의 '가이온 이클립스'(플러스 구독 필요, 스포일러 주의)로 이어진다.
• 킬링 필드 살풍경 (Killing Field-Sappukei)
• 하일 투 더 셰이드 오브 붓다스피드 (Hail to The Shade of Buddha-Speed)
• 투 레이트 포 인과응보 (Too late for Inga-oho)

3.4. 4권 : 케오스의 광시곡

• 블랙메일드 바이 닌자 (Blackmailed By Ninja)
• 길티 오브 비잉 닌자(Guilty of Being Ninja)
  
  후지키도와 유카노는 나라쿠 닌자 소울의 비밀을 찾기 위해 여행을 떠난다. '마사시의 깨달음'이라는 한 온천여관에서 묵던 중 후지키도가 만난 것은... 바로 야쿠자도 텐구도 아닌 야쿠자텐구였다! 둘은 대면하던 중, 유카노가 정체불명의 닌자들에게 납치당하는 소리를 듣게 된다. 유카노를 납치한 것은 '닌자 수도회'라는 닌자들의 집단. 이들은 닌자 소울에 빙의된 죄업을 저질러 조용히 기도하며 살겠다고 하지만, 실제로는 모탈들을 붙잡아 노예로 부리는 사악 집단이다! 닌자 수도회의 우두머리 타르타로스는 닌자 소울을 만들어낸 드래곤 닌자가 스스로의 잘못을 뉘우치고 도게자 후 세푸쿠하면 자신들이 닌자의 저주에서 풀려난다 믿으며 유카노를 고문하는데... 후지키도와 야쿠자텐구는 각자 닌자 수도회를 쳐부수기 위해 출발한다.
  
  헤즈 슬랭으로 자주 인용되는 '지금 발언은 다소 사악하군요...'와 '우리는 닌자 치고는 그다지 사악하지 않은 편이다!' 가 등장하는 에피소드.
• 인투 더 셔터드 어스 (Into the Shuttered Earth)
  
  낸시 리와 조수 윤코는 IRC 기술자 '우이챤'을 구출하기 의해 불법 전뇌 마약 생산 시설이자 외계로부터 단절된 지하 시설에 잠입한다.
  
  
  그곳에서는 인공적인 녹음이 우거진 정돈된 환경 속, 전뇌 마약 중독자들이 자급자족의 생활을 보내고 있었으나 치안유지경찰 하이데커를 동밴한 배니티가 도착하는데...
  
  물리서적판 한정 에피소드. 낸시와 윤코 콤비가 주역으로, 특별경찰 하이데커에 의한 치안 유지가 이뤄지는 전시 하에서 ‘네오 사이타마의 법’과 그에 반하는 위법 행위와의 대립을 볼 수 있다.
• 참치 썬더볼트 (Thunnus Thunderbolt)[22]
  
  야쿠자 클랜에 쫓겨 도망가는 럭키 제이크. 길거리에 쓰러져있던 한 부랑자에게 자신의 옷을 입혀 적을 속이는 데 성공한다. 그러나 그 부랑자는 하필이면 후지키도 켄지였고, 정신을 차리니 후지키도는 일정 속도로 달리지 않으면 폭발하는 폭탄이 몸에 장착된 상황. 야쿠자 클랜은 얼떨결에 잡은 후지키도가 네오 사이타마의 사신 닌자 슬레이어라는 것을 알게 되고, 그를 폭살시킬 집념으로 가득차는데...
• 자이바츠 영 팀 (Zaibatsu Young Team)
• 미드나이트 블루 영주님 (Midnight Blue Otomosama)
  물리서적판 한정 에피소드. '데어 이즈 어 라이트'의 전반부를 개제 및 재구성한 에피소드로, 아가멤논과 그의 아내 코요이 시노노메가 처음 만났던 날과 그녀가 아가멤논의 가장 큰 적인 후지키도를 처음 만난 날을 다룬다.

3.5. 5권 : 개전전야 네오 사이타마

• 레드해그 더 배드럭 (Redhag the Badluck)
  기존의 '낫 더 워스트 데이, 벗 앳 리스트 커스드 애니웨이'의 제목을 바꾼 것으로, 레드해그의 기념비적인 첫 등장 에피소드.
• 패스트 애스 라이트닝, 콜드 애스 윈터 (Fast as Lightning, Cold as Winter)
  
  에일리어스와 닌자 슬레이어는 어느 영세 초밥집에 가 초밥을 먹게 된다. 하지만 맞은편에 새로 생긴 대형 체인 스시가게의 판매전략으로 영세 초밥집은 손님들을 빼앗겨 재정난으로 문을 닫을 위기에 처한다. 설상가상으로 대형 스시 체인점에서 보낸듯한 블랙컨슈머 폭주족들까지 들어와 가게 안에서 행패를 부리자, 이를 닌자슬레이어는 가볍게 제압하고 그들의 고용주가 누구인지 알아내기 위해 인터뷰를 시작한다, 하지만 그 순간, 그것을 가로막듯이 맞은편의 스시가게에서 나타난 것은.....다름 아닌 닌자였다!
  
  닌자가 스시 셰프라는 어처구니 없는 설정에도 불구하고, 이후 닌자슬레이어 일행이 맞는 위기감이 잘 느껴지는 스토리 전개와 왕도 요리 소년만화를 연상시키는 뜨거운 전개, 그리고 닌자 슬레이어 특유의 와비사비가 맴도는 결착이 호평을 받는 에피소드다.
• 다크사이드 오브 더 문 (Darkside of the moon)
• 어몽 더 에잇 밀리언 스타즈 (Among the Eight-million Stars)
  물리서적판 한정 에피소드. 유카노가 낸시 리의 전뇌 아지트에 머물며 일주일 간 해커 집중 훈련을 받는 이야기로, '길티 오브 비잉 닌자' 이후 유카노의 행적이 회상의 형태로 밝혀진다.
• 스테이 얼라이브 포 유어 가라테 (Stay Alive for Your Karate)
  물리서적판 한정 에피소드. '데어 이즈 어 라이트' 에피소드의 후반부를 개제 및 재구성하였다.

3.6. 6권 : 리포징 더 헤이트리드

• 리포징 더 헤이트리드
• 히어 컴스 더 선
• 위어드 원더러 앤드 와이어드 윗치
• 레거시즈 오브 메가토리이
  
  아마쿠다리 섹트의 최고 간부 '12인'의 실질적인 톱인 아가멤논과 아르고스는 자신들의 '재정의 계획'을 위해 차근차근 준비를 해왔다. 조직의 재편, '독수리의 일족'의 생존자 조사, 카스미가세키 지구라트 액세스 권한을 위한 모략, 그리고 '그녀'의 향후에 대해서. 이제 독수리의 날개가 펼쳐지는 날이 멀지 않았다.
  
  
  
  
  
  
  그러나 그들의 계획을 저지하려는 자들도 존재한다. 그 중 한 명인 피그말리온-코시모토 형제 회사의 에이전트인 에시오 카타리는 오늘도 타도 아마쿠다리 섹트를 위해 움직이기 시작한다.
  
  물리서적판 한정 에피소드. 아가멤논의 유년기와 '오이란 마인드'의 비밀, 그리고 아마쿠다리 섹트에 전자적으로 저항하는 에시오 카타리의 출생의 비밀이 밝혀진다.
• 레이즈 더 플래그 오브 헤이트리드 (전편)

3.7. 7권 : 롱기스트 데이 오브 아마쿠다리 (상)

• 레이즈 더 플래그 오브 헤이트리드 (후편)
• 페이트 오브 더 블랙 로터스
• 데스 오브 아킬레스
• 매니 오어 원
• 쇼크 투 더 시스템
• 그라운드 제로, 데스 벨리 오브 센진 (전편)[23]

3.8. 8권 : 롱기스트 데이 오브 아마쿠다리 (하)

• 프롤로그 드래곤 도죠에서
  트위터에서 연재하였던 '언더 더 블랙 선'을 대폭 가필 수정하고 제목을 아예 바꾼 에피소드. 기존 스토리의 특정 파트들은 각각 3부 4권의 에필로그와 8권 프롤로그에 수록되었다.
• 그라운드 제로, 데스 벨리 오브 센진 (후편)
• 페어웰 마이 섀도
• 니쵸무 워
• 네오 사이타마 프라이드
• 로마 논 후이트 우나 디에

3.9. 9권 : 닌자 슬레이어 네버 다이스

• 묘자리 에피타프
• 아이스 에이지 스테이시스
• 더 파이어스타터
• 더 코드브레이커
• 댄스 투 츠키요미
• 액셀러레이트
• 폴라라이즈드
• 오히간 시냅시스
• 트랜스제네시스

3.10. 그 외 물리서적 미수록 에피소드

• 모터 드리븐 블루스
  
  오무라 인더스트리의 도산 후 겨우 살아남아 마케구미 노동자로 살아가던 모티머 오무라는 술집 주인인 아사가오의 인정으로 그나마 의지할 곳을 얻고 조용히 살아가고 있었다. 그러던 어느 날, 네오 사이타마에 로보 닌자에 의한 살인 파괴 사건이 빈발하게 발생하는데...

• 어 크루얼 나이트 위드 레이징 포스 프롬 소 사일런트 피어풀 렐름
  
  드래곤 마운틴의 꼭대기, 에인션트 드래곤 도죠에서 포탈에 진입한 실버키는 폭발사산으로 사망하려던 자이바츠 닌자 '엠브레이스'의 육체에 들어가고 만다. 과연 아무에게도 들키지 않고 무사히 목적을 이룰 수 있을 것인가?
  
  시점은 '언더 더 블랙 선' 에피소드 직후. 다크 닌자가 자이바츠 섀도우 길드를 접수하면서 그를 거부하는 반(反) 다크닌자 파 닌자들이 등장한다.

• 갓 핸드 더 스모토리
  
  전설의 요코즈나 갓핸드는 그 금욕적인 힘 때문에 오스모의 파괴자라 불렸으나, 현재는 모종의 이유로 리키시 리그에서 매장 당해 술집에서 술에 찌든 채로 살고 있었다. 그러나 그의 요코즈나 유전자는 요로시상 제약이 노리고 있었고, 때마침 마사카리 팽이라는 스모토리가 이끄는 반란 동맹이 리키시 리그에 난입해 최강 요코즈나 토너먼트 전을 열겠다고 선언하는데...
  
  약물에 전혀 의존하지 않았는데도 최강이라 불린 전설의 모탈 스모토리와 닌자의 스모 대결 에피소드.

• 팔로우 더 콜드 히트 시머즈
  
  후지산 기슭의 수해와 황야에서 거대 레이스 이벤트, '제 7회 하시리 모노'가 개최된다. 스타트를 기다리는 위험한 익사이먼트에 관객들의 기대는 최고조. '우승자 외에는 거의 다 죽는다'는 광기의 레이스에 올해도 수십 명의 참가자들이 크레이지한 머신과 함께 모인 것이다. 그 중에서도 이채로운 크롬 실버의 장엄한 무장 영구차 네즈미하야이DIII가 있었으니, 그 탑승자는 암흑 사회의 운송업자 데드문과 그의 오퍼레이터인 닌자 슬레이어 후지키도! 두 사람의 목적은 전년도 레이스에서 실종된 무장 영구차 업계의 리빙 레전드이자 데드문의 스승이기도 한 게바타 테루코의 행방을 찾는 것이다.
  
  
  하지만 레이스는 기다려 주지 않는다. 3일 동안 계속 달려야 한다. 그리고 그들과 마찬가지로 어떤 이들에게도 과거가 있고 목적이 있다!
  
  
  승부는 무자비! 지면 그만이다! 각자의 자존심이 서로 충돌하여 뜨거운 레이스를 만들어낸다!
  
  집필자인 브래들리 본드가 개인적으로 좋아한다고 밝힌 에피소드로, 언젠가 AoM 시대의 하시리 모노 에피소드도 써보고 싶다고 생각한다고.

• 데드 불렛 어레스티드 붓다
  
  교토로 망명하려는 붓다를 납치했다고 주장하며 3억엔의 몸값을 요구하는 인질범. 럭키 제이크와 다섯 명의 무법자들은 돈 냄새를 맡고 3억엔을 중간에 가로채러 출발한다. 그렇지만 붓다가 몸값을 받고 풀려나기 전에 붓다를 죽이려는 안타이 부디스트 무리와 얽혀 소동이 일어나고, 제이크 일행은 코케시 마트에 겨우 잠입하지만 그 안에는 아마쿠다리 닌자 새크리파이서가 만든 즘비 떼가 가득한데...
  
  단편집 '네오 사이타마 아웃로스'에 수록되었다.

• 어반 레전드 아부나이
  
  깊은 NRS를 안고 스가모 중범죄 형무소에 수용된 전직 핵&슬래시의 이시카와. 그가 우연히 만난 야마히로에게 털어놓은 비합법 비즈니스의 이야기는 생각치도 못한 이야기로 발전해 간다. 이미 죽었을 남자의 그림자가 형무소 안에 어른거리고, 야마히로와 이시키와의 정신은 삐걱거리기 시작한다. 그리고... 폐쇄동에서 가공할 참극이 일어나고 만다.
  
  시점은 적어도 '언익스펙티드 게스트' 이전. 닌자 리얼리티 쇼크의 무서움이 어떤 것인지 잘 묘사된 에피소드. 단편집 '네오 사이타마 아웃로스'에 수록되었다.

• 언익스펙티드 게스트
  
  때는 10월 10일.
  
  
  타마 리버에 떠 있는 감옥 섬「스가모 중범죄 형무소」에는 노보세 겐손을 비롯한 NSPD 49과의 데커 닌자들이 비밀리에 잠복하고 있었다. 사악한 닌자 조직 아마쿠다리 섹트가 NSPD 깊숙히에 마수를 뻗고 있다는 걸 깨달은 그는 닌자 소울 빙의자들을 받아들이고 닌자 관련 사건 피해자를 스가모에 모아 정보를 집적하며 반격의 기회를 엿보지만...
  
  
  KA-DOOOOOOM!
  
  
  요로시 바이오 사이버네티카 사의 수송기가 돌연 추락, 철교가 폭발하면서 형무소는 완전 고립 상태가 되고 만다. 문제는 그 뿐만이 아니다. 수송기 컨테이너의 안에는 가공할 바이오 닌자 칸젠타이가 실려 있었던 것이다!
  
  시점은 '롱기스트 데이 오브 아마쿠다리'의 '니쵸무 워'와 같은 때. 럭키 제이크도 등장한다.

• 닌자즈 덴
  
  황폐한 네오 사이타마 교외, 가미오다 역 지역에 닌자가 지배하는 커뮤니티 '닌자즈 덴'이 존재한다. 지금 암흑 비합법 탐정 닌자 슬레이어가 이 역에 내린다. 사악한 닌자를 죽이기 위해서.
  
  수수께끼에 싸인 피그말리온 코시모토 형제 회사의 에이전트 에시오 카타리의 첫 등장 에피소드. 단편집 '네오 사이타마 아웃로스'에 수록되었다.

• 오이란드로이드 앤드 안드로이드
  
  낸시 리 아래에서 해커 수행을 하며 그녀의 일을 돕는 사람의 마음을 가진 오이란드로이드, 윤코 스즈키의 이번 미션은 인기 오이란드로이드 아이돌 듀오 '네코네코카와이이'의 라이브에 잠입해, 메갈로 키모치 사가 벌이려는 '오이란드로이드 인권 법안' 성립이 목적인 비밀 공작을 막기 위한 증거 데이터를 훔치는 것. 하지만 그러기 위해선 윤코가 직접 네코네코카와이이로 위장해 라이브 중에 LAN 직결을 하여 데이터를 훔치는 것 말곤 방법이 없었고, 이에 대한 윤코의 답변은...
  
  
  "FUCK, NO!"
  
  
  자신에게 맞지 않는 스타일의 강제, 혹은 자신을 일개 오이란드로이드와 동일시 된 것의 분노로, 낸시에게 반항하는 것이었다. 분노로 그 자리에서 뛰쳐나온 윤코는 네코네코카와이이를 보수하는 전 오무라 메디테크 사의 주임 엔지니어 츠키요시와 우연히 조우해 네코 쨩과 카와이이코의 상태를 관리하는 현장으로 안내 받는다. 한편 그 무렵, 라이브 무대가 있는 스타디움에서는 이 라이브를 혁명 선동의 장으로 만들려고 하는 붉은 그림자가 움직이기 시작한다.
  
  인간의 정신과 마음을 가진 오이란드로이드 윤코 스즈키가 주역인 에피소드로, SF의 영원한 테마 중 하나인 '안드로이드와 인간의 관계', 그 양자의 경계를 닌자 슬레이어만이 가능한 날카로운 전개로 해석한다.

• 데스 트랩, 수어사이드 랩
  
  서클 시마나가시는 아마쿠다리 섹트에게 명확한 적으로 인식되기에 이른다. 섹트의 닌자의 습격을 받은 그들은 하수도에 퇴로를 발견해, 사바이버 도죠의 닌자들과 합류하지만…
  
  서클 시마나가시와 서바이버 도죠가 일시적인 동맹을 맺어 아마쿠다리 섹트의 추적에 맞서는 이야기. 이후 '니춈 워...... 비기닝'으로 이어진다.

• 니춈 워...... 비기닝
  
  니춈 스트리트에 그림자를 늘어뜨리고 있는 아마쿠다리 섹트의 유형 무형의 지배. 신종 마약 「퓨어・오하기」의 유통의 근원에는 데드 피닉스 야쿠자 클랜의 존재가 있었다. 야모토는 니춈을 지킬 수 있을 것인가?
  
  '데스 트랩, 수어사이드 랩'에서 바로 이어지는 에피소드. 이후 '니쵸무 워'로 이어진다.

• 알파인 생츄어리
  
  후지산의 북동쪽, 혹한의 소드 마운틴. 20년도 더 전에 도산한 메가코프 '덴와 텔레콤'의 데이터 센터에는 늙은 보수 엔지니어 리케 시마타와 그의 유일한 친구인 쇼기 AI 이치반이 약 30년 째 거주하고 있었다. 파견된 동료 엔지니어들이 모두 죽고 유일하게 남은 현재에도 동료들과 계속 보수해 온 자원을 쓸모없게 만들 수는 없었기에 보수와 구호의 신호를 포기하지 않았던 리케에게 아마쿠다리 섹트의 암수가 뻗어오는데...
  
  
  여기까지인가 싶던 그 때, 죽음의 경사면을 활주해오는 붉은 그림자가 있었으니! 그야말로 복수의 전사 닌자 슬레이어였다!
  
  3부 8권의 '로마 논 후이트 우나 디에'를 포함하여 여기서부턴 10월 10일 이후의 일들을 다룬 '독수리의 날개 편'으로, 네오 사이타마의 모든 권력을 장악한 아마쿠다리 섹트의 시선을 간신히 피하고 있는 얼마 남지 않은 저항자들은 어둠 속에 숨어 반격의 기회를 엿보게 된다. 에피소드 하나 하나가 앞으로의 전개를 위한 중요한 구간이나 물리서적판에선 생략되었다.

• 언더월드 레퓨지
  
  아마쿠다리 섹트와 치안유지기구 하이데커가 네오 사이타마 전역을 암흑 질서 관리 아래에 두게 되면서 돌아갈 곳이 없는 저항자들은 낸시의 안내에 따라 비밀 피난처로 점차 모여 반격을 준비한다. 그 깊숙한 곳엔 모두를 대피시키는 과정에서 아르고스에게 강렬한 IP 스캔 공격을 받게 되어 혼수 상태에 빠진 낸시 리의 육체가 잠들어 있었고, 해커 윤코 스즈키와 코드 로지스트 호리이 무라카미는 그녀를 구하기 위해 전뇌 공간 다이브를 대비한 신중한 준비를 하던 중이었다. 하지만...
  
  
  부앙-! 부앙-! 갑자기 비상 LED 본보리가 깜빡인다! 습격하는 즘비 닌자! 나무삼! 모탈들의 마지막 성역 마저 유린되어 버리는 것인가!
  
  
  『ARRRRRGHHH…… 내가 가지......』
  
  
  그 때, 위스키 병을 들이키고 카속 코트를 두른 거구의 남자가 일어선다.

• 스루 더 골든 레인
  
  아마쿠다리 섹트와 치안유지기구 하이데커에 의해 완전히 지배된 네오 사이타마 시가. AI 기업 피그말리온 코시모토 형제 회사의 유일한 영업 에이전트 에시오 카타리는 닌자 슬레이어와 어떻게든 접촉하기 위해 아르고스가 인도하는 아마쿠다리 닌자들의 추적에서 도주하고 있었으나, 결국 비밀 거점인 폐 빌딩으로 몰리게 되는데...

• 어 그레이트 디스커버리 오브 퍼킹 시리어스 닌자 파워
  
  네오 사이타마의 스트리트 곳곳에 있는 기념품 가게에 프린팅 셔츠나 모자를 팔아 생계를 유지하고 있는 2인조 아티스트 팀, '팀 이디오트'의 마나부와 스고이헤드.
  
  
  하지만 10월 10일 이후의 아마쿠다리 섹트가 지배하는 억압적인 네오 사이타마에선 두 사람의 반체제적인 요소가 들어간 티셔츠는 팔리지 않을 뿐이었고, 이에 집세를 지불하지 못해 공방을 뺄 위기에 처하게 된다.
  
  
  그러던 중 아마쿠다리의 감시 사회를 욕하다 이전에 TV 뉴스에서 언뜻 본 <忍殺>이라는 문구에서 신비적인 힘이 느껴진다는 이유로 <忍殺> 문구를 서브리미널적으로 교묘하게 넣은 티셔츠를 만들자, 이상할 정도로 엄청나게 잘 팔려나가게 되어 두 사람은 인생이 피게 되는 듯 싶었으나...

• 언베일 더 트레일
  
  일할 곳이 없어 센베이 대학의 학생 기숙사 한 켠을 불법점거하여 모여 사는 무궤도 대학생, 유우라기, 고이, 볼타는 반복되는 지루한 일상에 지친 와중 어느샌가 나타난 정체불명의 외부인, 우미노 스도의 존재에 당황한다. 딱히 해는 없었기에 방치하던 셋이었으나, 어느 날 우미노는 전자 전쟁 전의 음향 장비와 함께 방치되어 있던 기재에 검은 광석을 세트하고 수상한 행위를 시작한다. 하지만 갑자기 잇키 우치코와시의 폭력적 혁명 세력이 대학 부지 탈취를 시도한다.
  
  이 에피소드의 며칠 후 '로닌 리그'가 발기한다.

• 데이드림 네이션
  
  치안유지기구 하이데커는 반항적 시민, 반항 가능성이 있는 시민을 차례 차례로 검거하는 것과 동시에, 코토다마 공간 인식자들을 보호 명목으로 연행, 강제 수용소 「아케가 터미널」에 보내게 된다. 아마쿠다리의 시스템에 의한 통치는 더 이상 한없이 완전하게 가까워 보이는 듯 하였다. 하지만...
  
  
  010010101……가능성은 있어』 『확실히 아케가 터미널은...... 하지만 지금은 아직』 『지금은 아직 때가 아니야』 『그 말 대로야...... 지금은 아직이야. 독수리의 날개가 펼쳐질 그 때 까지』 01001010010011
  
  
  희망을 버리지 않고, 이에 저항하는 사람들도 조금은 존재하고 있었다.

• 라이즈 어게인스트 더 템페스트
  
  아가멤논의 천둥 짓수에 대처하기 위해, 닌자 슬레이어는 오카야마 현의 드래곤 슈라인에서 단독으로 낙뢰를 쌍절곤으로 튕겨내는 훈련을 개시한다. 한편 과거 소우카이야 소속 닌자였던 형을 닌자 슬레이어에게 살해당한 아마쿠다리 닌자 알비온은 소우카이야 잔당 넘버 텐의 밑에서 수행을 쌓아 닌자 슬레이어에게 복수를 하려고 한다.
  
  한 닌자의 삶을 주축으로 한, 퇴폐와 젠이 깊은 아트모스피어가 인상적인 단편.

• 사이언 오브 더 타이런트
  
  본인에게 아가멤논과 같은 '독수리의 일족'의 피가 흐르고 있다는 것을 알게 된 라오모토 치바는, 아마쿠다리의 괴뢰가 되는 것을 거부하고 충신 네버모어와 함께 위험한 내기에 나선다. 소우카이야를 잇는 소년은 진정한 야쿠자가 되어 위험한 제3세력이 되려고 한다.
  
  여기까지가 '독수리의 날개 편' 마지막으로, 이 바로 다음부터 '닌자 슬레이어 네버다이즈'로 이어진다.

4. 4부 : 에이지 오브 말법칼립스

4.1. 시즌 1

• 토먼트 이븐 애프터 데스 (Torment Even after Death)
• 머서너리 마지널 (Mercenary Marginal)
• 선즈 오브 케이어스 (Sons of Chaos)
• 욕야카르타 나이트 레이드 (Yogyakarta Night Raid)
• 어세일드 도죠 (Assailed Dojo)
• 스톰 인 어 찻잔 (Storm in a Yunomi)
• 데미지드 굿즈 (Damaged Goods)
• 자이바츠 섀도우 길드 (Zaibatsu Shadow Guild)
• 카로우시 노 리모스 (Karoushi No Remorse)
• 소우카이 신디케이트 (Soukai Syndicate)
• 위 어 슬러츠, 칩 프로덕츠, 인 섬 닌자즈 노트북 (We are Sluts, Cheap Products, in Some Ninja's Notebook)
• 오라클 오브 말법칼립스 (Oracle of Mappor-Calypse)

4.2. 시즌 2

• 콜드 월드 (Cold World)
• 라이프·애프터 데스 (Life after Death)
• 베인 오브 카토우 (Bane of Ka-Toh)
• 파서블 도미네이션 (Possible Domination)
• 하트 오브 다운트로든 소울즈 (The Heart of Downtrodden Souls)
• 카운슬 후지미 (Council Fujimi)
• 뷰리얼 언더커버 (Burial Undercover)
• 드래곤 인스트럭션 (Dragon Instruction)
• 프리징 후지산(Freezing Fujisan)
• 얼터 오브 말법칼립스 (Alter of Mappor-Calypse)

4.3. 시즌 3

• 엔터 더 랜드 오브 닌자(Enter the Land of Ninja)
• 엣지 오브 네더쿄 (Edge of Netherkyo)
• 데스 프롬 어보브 UCA (Death from Above UCA)
• 요로시상 익스프레스 (Yoroshisan Express)
• 드림 캐처 디지털 리콘 (Dream Catcher Digital Recon)
• 이스케이프 프롬 혼노지 (Escape from HNJ)
• 나라쿠 위딘(Naraku Within)
• 칼레이도스코프 오브 케이어스(Kaleidoscope of Chaos)
• 타이런트 오브 말법칼립스 (Tyrant of Mappor-Calypse)

4.4. 시즌 4

• 프렐류드 오브 칼리돈(Prelude of Calydon)
• 더 셰이프 오브 닌자 투 컴 (The Shape of Ninja to Come)
• 케이지 오브 모탈리티 (The Cage of Mortality)
• 마스터 오브 파펫츠 (Master of Puppets)
• 벨벳 소닉 (Velvet-Sonic)
• 디스트럭티브 코드 (Destructive Code)
• 애시드 시그널 트랜잭션 (Acid Signal Transaction)
• 템페스트 오브 메이헴 (Tempest of Mayhem)
• 비스트 오브 말법칼립스 (Beast of Mappor-Calypse)

4.5. 시즌 5

• 스텝스 온 더 글리치(Steps on the Glitch)
• 스쿨걸 어쌔신 사이버 매드니스(School Girl Assassin Cyber Madness)
• 디 인터내셔널 한자이[24] 컨스피러시(The International Hanzai Conspiracy)
• 게이샤 플래시백(Geisha Flashback)
• 다이한죠 굿 비즈니스(Daihanjo Good Business)
• 제로 탈러런트 산수화(Zero Torelant Sansui)
• 트레이스 오브 다크 닌자(Trace of Dark Ninja)
• 액세스 디나이드 666(Access Denied 666)(연재중)