1987년 시즌이 프로축구의 타이틀을 달고 시작이 되는데, 시즌전에 86 축구대제전 우승팀인 포항제철 아톰즈와 이 대회의 우승팀인 현대 호랑이가 각자 우승컵을 반납하겠다고 해서 논란이 된 바가 있다. 포항제철은 83년부터 시작된 축구대제전(수퍼리그)의 챔피언이 디펜딩 챔피언이라 주장한 반면 현대 호랑이는 1987년 시즌부터 프로축구팀만 리그에 참가하게 되므로 1986년 프로축구선수권대회의 챔피언인 현대가 디펜딩 챔피언이라는 주장을 폈다. 결국 프로축구 위원회는 양팀의 우승컵을 모두 반납 받고 새로운 우승컵을 제작해야 했다. 당시엔 프로축구 위원회가 입장을 분명히 밝히진 못했지만 오늘날 1986년 리그의 정통성은 1986년 프로축구선수권대회가 아닌 86 축구대제전으로 보고 있다. 1986년 프로축구선수권대회를 컵대회로 분류를 하는 경우도 있지만, 엄연히 이야기하자면 컵대회라기 보다는 프로와 실업이 함께 리그를 치르는 비정상적인 구조를 해소하고 프로팀만이 대결하는 프로축구리그를 만들기 위한 프로축구 시범리그라고 보는 것이 맞다.
[1] 0:0에서 경기 종료 1분전, 길기철 주심이 포항체철의 PK를 선언하자 현대 측에서 판정이 잘못됐다고 항의, 경기중단 10분만에 그라운드를 떠나 기권패했다.#