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1. 개요
예기치 않은 작년의 실패를 거울삼아 새롭게 시작하려고 했던 시즌이었으나 생각만큼 쉽지는 않았다. 차범근 감독에 대한 불신이 아직 사그러지지 않은데다 역시 작년부터 불거지기 시작한 경기력 논란이 초반에도 재현되었기 때문이다. 거기에 팀이 위기인 와중에 2006 독일 월드컵 중계를 맡아 팀을 비우고 갔다. 그러나 월드컵 휴식기 이후 새로운 선수를 수혈하면서 경기력은 올라가기 시작했고, 올라간 경기력 만큼 성적도 올라가기 시작했다. 후기 리그 우승으로 반등에 성공하긴 했으나 막대한 금액을 쏟아부었음에도 전술 부재로 결국 리그와 FA컵 모두 준우승에 그치게 된다.
2. K리그
2.1. 전기 리그
| 날짜 | 라운드 | 홈팀 | 득점(H) | 득점(A) | 원정팀 | 결과 |
| 3/12(일) | 1 | 수원 | 1 | 1 | 서울 | 무 |
| 3/15(수) | 2 | 제주 | 0 | 0 | 수원 | 무 |
| 3/19(일) | 3 | 수원 | 1 | 0 | 인천 | 승 |
| 3/26(일) | 4 | 대전 | 0 | 0 | 수원 | 무 |
| 3/29(일) | 5 | 대구 | 0 | 0 | 수원 | 무 |
| 4/1(토) | 6 | 울산 | 1 | 2 | 수원 | 승 |
| 4/5(수) | 7 | 광주 | 0 | 0 | 수원 | 무 |
| 4/9(일) | 8 | 수원 | 1 | 1 | 전남 | 무 |
| 4/16(일) | 9 | 성남 | 0 | 1 | 수원 | 승 |
| 4/23(일) | 10 | 수원 | 1 | 4 | 부산 | 패 |
| 4/30(일) | 11 | 경남 | 2 | 1 | 수원 | 패 |
| 5/5(금) | 12 | 수원 | 1 | 2 | 포항 | 패 |
| 5/10(수) | 13 | 수원 | 2 | 2 | 전북 | 무 |
승점 16점 3승 7무 3패
리그가 개막하고 나서 9경기 동안 무패 행진을 달렸다. 문제는 승리는 세번 뿐이라는 것이다. 뿐만 아니라 빈곤한 득점력도 큰 문제였다. 이따마르나 산드로 등 외국인 선수가 제역할을 하지 못 한 것도 있었고, 고질적으로 킥 앤 러쉬를 통한 축구를 구사했기 때문에 상대팀은 손쉽게 수원의 공격 방향을 예측하고 막을 수 있었다는 점이 가장 큰 문제점이었다. 이는 2005 시즌부터 계속 지적된 문제이기도 했다. 그리고 이러한 총체적인 심각함은 드디어 4월 23일 부산전에서 터지게 된다. 지금도 그렇지만 부산은 당시 수원의 멤버에 비하면 무게감이 떨어지는 전력이었다. 그럼에도 불구하고 전반 10분 소말리아, 전반 22분 이승현, 전반 38분 뽀뽀에게 차례대로 헌납하면서 전반에만 0-3의 스코어를 기록하게 되었다. 웃기는 것은 그럼에도 불구하고 수원의 후반전 전술도 전반전과 같았다는 것이다. 후반 초반 뽀뽀에게 한골을 더 헌납하면서 수원 팬들은 그대로 얼어붙었다. 후반 45분 종료 직전 코너킥에서 마토의 골로 그나마 영패를 모면할 수 있었다. 처참한 경기력에 수원 서포터즈는 후반전 응원을 중지하고 부산 선수들을 응원하는 촌극이 빚어졌다. 경기 후에도 인사하러온 부산 선수들에게는 박수를, 수원 선수들에게는 야유가 나오는 등 민심이 돌아섰다. 이 경기를 계기로 차범근 감독과 전술에 대한 비판이 터져나왔고 팀 분위기는 급하락했다. 이후 전기 리그 잔여 경기에서도 맥을 못추며 승리를 거두지 못했다.
2.2. 후기 리그
| 날짜 | 라운드 | 홈팀 | 득점(H) | 득점(A) | 원정팀 | 결과 |
| 8/23(수) | 1 | 서울 | 1 | 1 | 수원 | 무 |
| 8/26(토) | 2 | 수원 | 2 | 1 | 제주 | 승 |
| 8/30(수) | 3 | 인천 | 1 | 2 | 수원 | 승 |
| 9/9(토) | 4 | 수원 | 1 | 1 | 대전 | 무 |
| 9/16(토) | 5 | 대구 | 1 | 2 | 수원 | 승 |
| 9/24(일) | 6 | 수원 | 1 | 0 | 울산 | 승 |
| 9/30(토) | 7 | 수원 | 1 | 0 | 광주 | 승 |
| 10/3(화) | 8 | 전남 | 1 | 0 | 수원 | 패 |
| 10/14(토) | 9 | 수원 | 3 | 0 | 성남 | 승 |
| 10/21(토) | 10 | 부산 | 0 | 2 | 수원 | 승 |
| 10/25(수) | 11 | 수원 | 2 | 0 | 경남 | 승 |
| 10/29(일) | 12 | 포항 | 2 | 0 | 수원 | 패 |
| 11/5(일) | 13 | 전북 | 1 | 1 | 수원 | 무 |
승점 27점 8승 3무 2패
이관우와 백지훈의 영입은 후기 리그 수원이 분위기를 반전시키는데 큰 도움을 줬다. 미드필드에서 창의적인 움직임이 더해지면서 그동안 답답했던 공격쪽의 모습이 일신했고 확실하게 약팀을 잡아주는 모습을 보여주면서 후기 리그 우승으로 이어졌다. 그러나 득점력 해결을 위해 영입한 외국인 공격수들의 결정력 부족은 여전했고 이는 결국 챔피언 결정전과 FA컵의 준우승으로 이어진다.
2.3. 플레이오프
2.3.1. 4강
| 플레이오프 4강전 |
| |
| |
| 11/12(일) 14:00 |
| 수원 블루윙즈 VS 포항 스틸러스 |
| 1 : 0 |
| 후반 9분 백지훈(수원) |
후기 리그 우승을 달성한 수원은 4강 플레이오프에 진출했다. 김남일이 부상으로 출전하지 않으리라는 관측도 있었지만 선발 멤버로 출장했다. 경기 내용은 시종일관 포항과 수원의 접전이었으나 백지훈의 기습적인 중장거리 슛이 성공하면서 득점에 성공했다. 이후 수원은 수비에 치중하면서 시간을 보냈고 승리는 수원에게 돌아갔다.
2.3.2. 챔피언 결정전
2.3.2.1. 1차전
| 성남 일화 천마 1 - 0 수원 삼성 블루윙즈 | |
| 일시 | 2006년 11월 19일 14:00 |
| 장소 | 탄천종합운동장 |
| 성남 일화 천마 | 수원 삼성 블루윙즈 | ||||
| 시간 | 득점 | 도움 | 시간 | 득점 | 도움 |
| 88 | 우성용 | - | - | - | - |
2.3.2.2. 2차전
| 수원 삼성 블루윙즈 1(1 - 3)2 성남 일화 천마 | |
| 일시 | 2006년 11월 26일 14:00 |
| 장소 | 수원월드컵경기장 |
| 수원 삼성 블루윙즈 | 성남 일화 천마 | ||||
| 시간 | 득점 | 도움 | 시간 | 득점 | 도움 |
| 75 | 실바 | 송종국 | 25 | 모따 | - |
| 65 | - | ||||
3. 리그컵
| 날짜 | 라운드 | 홈팀 | 득점(H) | 득점(A) | 원정팀 | 결과 |
| 5/14(일) | 1 | 수원 | 0 | 1 | 포항 | 패 |
| 5/17(수) | 2 | 수원 | 1 | 1 | 성남 | 무 |
| 5/21(일) | 3 | 전북 | 3 | 0 | 수원 | 패 |
| 5/24(수) | 4 | 수원 | 0 | 1 | 울산 | 패 |
| 5/27(토) | 5 | 인천 | 1 | 1 | 수원 | 무 |
| 5/31(수) | 6 | 제주 | 2 | 0 | 수원 | 패 |
| 6/3(토) | 7 | 수원 | 0 | 1 | 전남 | 패 |
| 6/6(화) | 8 | 부산 | 1 | 1 | 수원 | 무 |
| 7/15(토) | 9 | 수원 | 1 | 1 | 경남 | 무 |
| 7/19(수) | 10 | 수원 | 2 | 0 | 광주 | 승 |
| 7/22(토) | 11 | 대전 | 0 | 0 | 수원 | 무 |
| 7/26(수) | 12 | 수원 | 1 | 1 | 서울 | 무 |
| 7/29(토) | 13 | 대구 | 1 | 2 | 수원 | 승 |
월드컵 휴식기 이전에 펼쳐진 리그컵 또한 분위기는 매우 험악했다. 경기를 준비해야 할 감독이 월드컵 중계 준비로 팀을 비우는 비상식적인 일이 벌어진 것 또한 수원 팬들의 험악한 분위기를 자아내는 데 일조했다. 서포터즈는 응원 보이콧을 선언했고 5~6월 동안 수원은 단 1승도 거두지 못했다. 월드컵 중계를 마치고 돌아온 차범근 감독이 내놓은 해결책은 결국 선수 영입이었다. 먼저 득점 강화를 위해 우루과이 국적의 올리베라와 브라질 국적의 실바를 영입했고, 국내 선수로는 이관우와 백지훈을 영입하는데 성공한다.
4. FA컵
4.1. 준결승
4.2. 결승
| FA컵 결승전 |
| |
| 11/19(일) 14:00 |
| 수원 블루윙즈 VS 전남 드래곤즈 |
| 0 : 2 |
| 후반 11분 송정현 후반 40분 김태수(전남) |