J리그가 본격적인 승강제를 도입한 시기다. 1부리그 16팀, 2부리그 10팀으로 첫 시즌을 시작했으며 이후 2팀 승격, 2팀 강등이라는 큰 틀을 유지하면서 승강제를 진행해왔다. 이 시기 1부리그는 J리그 디비전 1, 2부리그는 J리그 디비전 2로 불렸다.
이 시기부터 J리그가 한물간 특급 외국인 선수 대신 브라질 유망주들과 대한민국 유망주들을 집중 공략하며 외국인 쿼터를 채우기 시작했다. 속칭 J리그의 오픈빨이 빠지면서 리그 흥행성이 정체되던 시기였기 때문에 클럽들도 마냥 돈을 펑펑 쓰며 구단을 운영할 수 없었기 때문이다. 이후 2008년 아시아 쿼터제가 본격적으로 도입되면서 J리그 구단들의 한국인 선수 영입 러시는 절정에 이르게 된다.
이 시기부터 우리가 익숙한 J리그의 방식이 자리잡게 된다. 2005 시즌부터 유럽식 더블 풀리그 제도로 완전히 전환했으며 현재까지 유지하고 있다.
1부리그 16팀으로 첫 승강제 시즌을 시작했다. 전, 후기 리그와 챔피언결정전으로 진행되는 것은 동일하나 연중 통합 순위로 하위 2팀이 다음 시즌 2부리그로 강등되는 점이 달라졌다.
2부리그는 10팀으로 조직되었는데 1998시즌 J리그에서 강등된 콘사도레 삿포로, 가와사키 프론탈레와 함께 JFL에서 올라온 8팀이 추가로 합류해 원년 시즌을 치렀다.
승부차기가 폐지되었다. 연장전은 계속해서 실시하지만, 연장전에서도 골든골이 나오지 않고 끝날 경우 무승부로 처리한다. J리그 출범 7년만에 처음으로 무승부가 생긴 셈이다.
외국인 선수 제도에 변화가 생겼다. 프로 계약으로 자유롭게 영입할 수 있는 외국인 선수의 수가 3명으로 줄어들며, 대신 아마추어급 계약으로 5명까지 영입 가능한 C급 계약이 신설되었다. 거기에 기존엔 외국인 선수로 분류되었던 일본내 재일교포 선수들을 따로 등록하는 제도가 신설되었다.
외국 1부리그에서 한국인 선수가 처음으로 득점왕을 차지한 시즌이다. 황선홍이 세레소 오사카에서 이 시즌 25경기 24골을 넣으며 압도적인 득점왕을 차지했다.
지난 시즌과 거의 동일하게 진행되었다. 베갈타 센다이가 클럽 역사상 첫 1부리그에 진입했으며 교토 퍼플 상가 또한 오랜만의 1부리그 승격 시즌을 치르게 되었다.
2002 FIFA 월드컵 한국·일본 개최의 해였다. 공동개최국인 대한민국이 시즌 초 리그컵만 운영하고 월드컵 종료 후 정규리그를 개최하는 파격적인 운영을 한 것처럼, 일본도 나름 파격적으로 국가대표팀을 지원하기 위해 4월부터 7월까지 리그를 중단하는 초강수를 두었던 시즌이다. 그래서 이 시즌은 졸지에 여름 이적시장을 보내면서 전기리그를 치르는 시즌이 되었다.