| <colbgcolor=#000000,#191919><colcolor=#fcffff> 닌자 슬레이어의 분기별 주요 적대 조직과 보스 | ||
| 1부: 네오 사이타마의 불길 | 소우카이 신디케이트 | 라오모토 칸 |
| 2부: 교토 헬 온 어스 | 자이바츠 섀도우 길드 | 로드 오브 자이바츠 |
| 3부: 닌자 슬레이어 네버 다이즈 | 아마쿠다리 섹트 | 아가멤논 |
| 4부: 에이지 오브 말법칼립스 | ||
| 시즌 1: 선즈 오브 케오스 편 | 선즈 오브 케오스 | 브래스하트/사츠가이 |
| 시즌 2: 싯카 편 | 카토우 | 신윈터/사츠가이 |
| 시즌 3: 네더쿄 편 | 네더쿄 | 아케치 닌자 |
| 시즌 4: 칼리돈의 짐승 편 | 다크 카라테 엠파이어 | 애버리스/세트 |