시즌 개막 전 심판 매수 사건으로 승점 10점 감점 징계를 받은 경남 FC는 5월 22일 고양전에서 2:1로 이기며 플러스 승점이 되었다. 그리고 6월 11일 대전 시티즌과의 대결에서 4:4로 비기며 꼴찌 탈출에 성공했다.
2016년 9월 30일, K리그 이사회 결정으로 안산 무궁화의 성적에 관계 없이 승격하지 못한다는 입장을 다시 한 번 확인했으며, 안산 무궁화를 제외한 리그 1위가 K리그 클래식 자동승격을 하도록 결정했다. 그리고 플레이오프 진출권이 이번 시즌에 한해 리그 5위까지 주어지게 되었다. 준플레이오프 → 플레이오프 → 승강 플레이오프로 이어지는 경기 방식은 기존과 동일하다.#
10월 10일, 40R에서는 대구 FC가 2위를 다시 탈환하였고, 부산 아이파크는 선두 안산 무궁화에게 완승을 거두며 6위 서울 이랜드와의 6점차를 유지했다. 그리고 이번 라운드에서 FC 안양의 플레이오프 진출 실패가 확정되었다.
10월 15일, 41R에서는 선두권의 안산 무궁화, 대구 FC, 강원 FC이 모두 패배하고 부천 FC 1995만이 승리하면서 3위를 탈환했다.[3] 부산 아이파크가 휴식 라운드를 가졌고, 서울 이랜드는 대구 FC를 상대로 창단 첫 승리를 거두며 부산 아이파크와의 승점차를 3점으로 좁혔다.
10월 19일, 42R에서는 자동승격권을 건 빅매치였던 대구 FC와 부천 FC 1995의 경기가 비기면서 누구도 웃지 못했고, 부산 아이파크는 강원 FC를 꺽으며 서울 이랜드와의 3점차를 유지했다. 그리고 이번 라운드에서 대전 시티즌과 경남 FC의 플레이오프 진출 실패가 확정되었다.
10월 23일, 43R에서는 대구 FC가 경남 FC에 승리하면서 플레이오프 진출권을 확보하며, 동시에 자동승격권 경쟁에서도 가장 유리한 위치에 올랐다. 부산 아이파크는 부천 FC 1995에게 승리하면서 4위로 상승, 플레이오프 진출권 경쟁에서 유리한 위치에 올랐다. 반면 부천 FC 1995는 패배를 허용하며 5위로 밀려나긴 했지만 리그 최종전 상대가 고양 자이크로이기 때문에 상황에 따라 얼마든지 플레이오프 진출을 이룰 가능성을 남겼다. 서울 이랜드는 플레이오프 진출을 위해 부산 아이파크와의 홈경기에서 승리하고 부천 FC 1995가 고양 자이크로에게 패배하길 바래야 한다. 자력으로는 부산 아이파크를 7점차 이상으로 이기면 진출이 가능하지만 희박한 확률이므로 논외.
10월 30일, 44R 정규리그 최종전에선 대구 FC가 대전 시티즌에 승리하면서 자력으로 K리그 클래식 승격을 확정지었다. 부천 FC 1995도 고양 자이크로에게 승리하면서 자력으로 플레이오프 진출을 확정지었다.
리그 우승 구단 안산 무궁화가 연고지 이전이 예정되어있어 승격이 불가능한 상황으로 사상 최초로 리그 2위인 대구 FC가 직행 승격권을 얻는 상황이 발생했다. 이에 맞게 플레이오프 진출권 부여 순위도 한 순위씩 뒤로 밀려 리그 3위가 플레이오프에 직행하고 리그 4위와 리그 5위가 준플레이오프에서 리그 4위의 홈에서 맞붙게 되었다.
[1] 차기 시즌 재창단 형태로 아산시로 연고 이전을 하게 되자 승격에 제한을 두었다.[2] 2015년 12월 18일, 안종복 전 경남 FC 사장에 의한 경남 FC 심판매수 사건으로 승점 10점 감점 징계 처분이 내려졌다. 또한 이번 승점 감점 징계는 K리그 최초의 사례다.[3] 특히 선두 안산 무궁화는 10위 충주 험멜에게 1:8로 대패하는 이변이 일어났다.[4] K리그1,2 통합으로 시상하기 때문에 K리그2 입장에선 수상하기 어려운 상이다.[5] 나누기에서 소숫점 자리는 반올림