2016년 1월 12일 열린 KBO 이사회에서 1년만에 다시 2개 리그로 돌아간다고 발표되었다. 다시 북부/남부의 양대리그제로 회귀 했으며 팀당 96경기[1]으로 진행되며 kt wiz의 2군이 익산으로 이동함에 따라 kt wiz가 고양 다이노스와 자리를 바꿔 남부리그로 편입되었다.
KBO 또는 구단의 제재로 인해 경기출장에 제한을 받고 있는 선수, 국내 프로구단에 입단하지 않은 상태에서 해외에 진출했다가 귀국한 뒤 상무 및 경찰 야구단에 입단한 선수는 경기에 출장할 수 없도록 하였다. 후자의 경우는 2015년 12월 21일 상무에 입대한 김선기(전 시애틀 매리너스 산하 마이너리그)의 사례로 도입되었는데 정작 그는 이 규정을 소급 적용받지 않지만 이후 입대하는 선수들은 복무 기간 동안 퓨처스리그 경기 출전이 불가능하게 됐다.
2016년 5월 16일부터 월요일 야간 경기가 본격적으로 시행된다.[2] 일명 먼데이나이트 베이스볼[3]. 먼데이나이트 베이스볼은 방송중계도 이루어 졌으며, 2군 구장에 야간 경기시설이 갖춰져 있다면 홈에서 개최하지만 그렇지 못한 구장의 경우 1군 홈경기장 혹은 야간 조명시설이 갖춰진 중립구장에서 경기가 열렸다.
[1] 같은 리그 팀간 12차전 + 인터리그 팀간 6차전.[2] 사실 퓨처스리그 중계는 2011년에 처음 시작되었으나 시청률 저조로 1년만에 중지되었었다.[3] 여담으로 메이저리그 베이스볼에서는 일요일 야간에 전국중계용 경기인 선데이 나잇 베이스볼이 열리고, 일부 유럽 축구리그(EPL이나 분데스리가 등)나 NFL에서는 월요일 야간에 열리는 먼데이 나잇 풋볼이 있다.[4] 2011년 전유수(당시 경찰)의 세이브 기록(20세이브) 경신.[5] 2011년 모상기(당시 삼성)의 홈런 기록(21홈런) 경신.[6] 2011년 모상기(당시 삼성)의 타점 기록(83타점) 경신.[7] 2010년 정형식(당시 삼성)의 도루 기록(39개) 경신.[8] 2006년 이양기(한화), 2012년 나성범(NC)의 사사구 기록(65개) 경신.
