체외에서 체내로 바이러스나 꽃가루, 이물질 등이 들어오면 이들이 항원으로 작용해 대식세포가 그것들을 먹는다. 먹고 남은 조각(항원조각)을 헬퍼 T세포에 제시한다. 제시하면 헬퍼 T세포는 사이토카인(cytokine)이라는 화학 물질을 방출한다. 사이토카인의 자극을 받고 세포독성 T 세포, 매크로파지와 같은 대식세포들이 함께 항원을 몰아낸다.
기본적으로 체내의 많은 세포들은 T 세포에게 항원을 제시하는 능력을 가지고 있다. 항원제시를 하는 세포는 항원제시세포(antigen presenting cell, APC)라고 하며 그 중에서도 대식세포, 수지상세포, B 세포를 전문적인 항원제시세포(professional APC, pAPC)라고 부른다.