| 지정번호 | 도서명 | 면적(m²) | 지번 | 행정구역 | 지정년도 | 차수 |
| 1 | 독도 | 187,554 | 경북 울릉군 울릉읍 독도리 1~96 | 경북 | 2000.9.5 | 1차 |
| 2 | 우도 | 211,537 | 인천 강화군 서도면 말도리 산88, 산90~96 | 인천 | 2000.9.5 | 1차 |
| 3 | 비도 | 2,380 | 인천 강화군 서도면 말도리 산89 | 인천 | 2000.9.5 | 1차 |
| 4 | 석도 | 1,190 | 인천 강화군 서도면 주문1리 산3 | 인천 | 2000.9.5 | 1차 |
| 5 | 수리봉 | 5,157 | 인천 강화군 서도면 아차도리 산50 | 인천 | 2000.9.5 | 1차 |
| 6 | 수시도 | 5,455 | 인천 강화군 서도면 주문1리 산2 | 인천 | 2000.9.5 | 1차 |
| 7 | 분지도 | 35,901 | 인천 강화군 서도면 주문2리 산296 | 인천 | 2000.9.5 | 1차 |
| 8 | 소송도 | 2,071 | 인천 강화군 삼산면 매은리 산534 | 인천 | 2000.9.5 | 1차 |
| 9 | 대송도 | 13,951 | 인천 강화군 삼산면 매은리 산534 | 인천 | 2000.9.5 | 1차 |
| 10 | 신도 | 3,623 | 인천 옹진군 북도면 장봉리 산297 | 인천 | 2000.9.5 | 1차 |
| 11 | 어평도 | 146,578 | 인천 옹진군 영흥면 외리 산259, 산260 | 인천 | 2000.9.5 | 1차 |
| 12 | 뭉퉁도 | 5,112 | 인천 옹진군 자월면 자월리 1579, 산368, 산369 | 인천 | 2000.9.5 | 1차 |
| 13 | 소초지도 | 35,702 | 인천 옹진군 자월면 자월리 산331 | 인천 | 2000.9.5 | 1차 |
| 14 | 할미염 | 458 | 인천 옹진군 자월면 자월리 1580 | 인천 | 2000.9.5 | 1차 |
| 15 | 항도 | 5,454 | 인천 옹진군 영흥면 선재리 산113 | 인천 | 2000.9.5 | 1차 |
| 16 | 각흘도 | 382,314 | 인천 옹진군 덕적면 서포리 산451 | 인천 | 2000.9.5 | 1차 |
| 17 | 통각흘도 | 9,223 | 인천 옹진군 덕적면 서포리 산493, 산494 | 인천 | 2000.9.5 | 1차 |
| 18 | 소통각흘도 | 4,959 | 인천 옹진군 덕적면 서포리 산489~산491 | 인천 | 2000.9.5 | 1차 |
| 19 | 중통각흘도 | 4,562 | 인천 옹진군 덕적면 서포리 산 492 | 인천 | 2000.9.5 | 1차 |
| 20 | 부도 | 358,016 | 인천 옹진군 덕적면 백아리 산156, 산163 | 인천 | 2000.9.5 | 1차 |
| 21 | 토끼섬 | 4,661 | 인천 옹진군 덕적면 백아리 산177, 산178 | 인천 | 2000.9.5 | 1차 |
| 22 | 광대도 | 29,951 | 인천 옹진군 덕적면 백아리 산170~175 | 인천 | 2000.9.5 | 1차 |
| 23 | 상바지섬 | 7,438 | 인천 옹진군 덕적면 울도리 산1 | 인천 | 2000.9.5 | 1차 |
| 24 | 중바지섬 | 4,661 | 인천 옹진군 덕적면 울도리 산2 | 인천 | 2000.9.5 | 1차 |
| 25 | 하바지섬 | 29,653 | 인천 옹진군 덕적면 울도리 산3 | 인천 | 2000.9.5 | 1차 |
| 26 | 멍애섬 | 36,397 | 인천 옹진군 덕적면 백아리 산169 | 인천 | 2000.9.5 | 1차 |
| 27 | 홍도 | 98,380 | 경남 통영시 한산면 매죽리 산54 | 경남 | 2000.9.5 | 1차 |
| 28 | 어유도 | 149,881 | 경남 통영시 한산면 매죽리 산55-1~5, 64~69, 68-1, 70-1, 70-2, 71, 72, 203 | 경남 | 2000.9.5 | 1차 |
| 29 | 소지도 | 40,212 | 경남 통영시 한산면 비진리 산202-1~9 | 경남 | 2000.9.5 | 1차 |
| 30 | 좌사리도(자사리도) | 68,628 | 경남 통영시 욕지면 동항리 산2~산5 | 경남 | 2000.9.5 | 1차 |
| 31 | 외부지도 | 104,661 | 경남 통영시 산양읍 연곡리 산199~산203, 산199-1, 산204-1, 산204-2, 산205~산211 | 경남 | 2000.9.5 | 1차 |
| 32 | 소매물도일부(등대도) | 75,360 | 경남 통영시 한산면 매죽리 산65, 178-1, 178-2 | 경남 | 2000.9.5 | 1차 |
| 33 | 세존도 | 33,000 | 경남 남해군 상주면 상주리 산442 | 경남 | 2000.9.5 | 1차 |
| 34 | 소치도 | 35,546 | 경남 남해군 상주면 상주리 산444 | 경남 | 2000.9.5 | 1차 |
| 35 | 사도 | 30,744 | 경남 남해군 미조면 미조리 산391, 산392 | 경남 | 2000.9.5 | 1차 |
| 36 | 죽암도(미도) | 50,281 | 경남 남해군 미조면 미조리 산164~산166, 산167-1~4, 산168 | 경남 | 2000.9.5 | 1차 |
| 37 | 목도(부도) | 16,860 | 경남 남해군 상주면 상주리 산440 | 경남 | 2000.9.5 | 1차 |
| 38 | 고도 | 45,620 | 경남 남해군 미조면 미조리 산209-1~산209~3, 1277 | 경남 | 2000.9.5 | 1차 |
| 39 | 마안도 | 130,914 | 경남 남해군 미조면 송정리 산 369-1~산369-6, 산370 | 경남 | 2000.9.5 | 1차 |
| 40 | 병풍도 | 560,530 | 전남 진도면 조도면 동거차도리 산16, 산17 | 전남 | 2000.9.5 | 1차 |
| 41 | 행금도 | 56,333 | 전남 진도군 조도면 독거도리 산101, 산 102 | 전남 | 2000.9.5 | 1차 |
| 42 | 탄항도 | 13,326 | 전남 진도군 조도면 독거도리 산103 | 전남 | 2000.9.5 | 1차 |
| 43 | 납태기도(서대기도) | 66,967 | 전남 진도군 조도면 독거도리 산107 | 전남 | 2000.9.5 | 1차 |
| 44 | 백야도 | 62,678 | 전남 진도군 조도면 여미리 산209 | 전남 | 2000.9.5 | 1차 |
| 45 | 목도 | 112,330 | 전남 고흥면 도화면 지죽리 산111, 산111-1, 산111-2, 산112, 산112-1 | 전남 | 2000.9.5 | 1차 |
| 46 | 대항도 | 69,819 | 전남 고흥군 봉래면 예내리 산1-1, 산2, 산2-1, 26-1~4 | 전남 | 2000.9.5 | 1차 |
| 47 | 곡두도 | 54,040 | 전남 고흥군 봉래면 외초리 산316, 산316-1, 산317, 산317-1 | 전남 | 2000.9.5 | 1차 |
| 48 | 나무섬(상목도) | 8,331 | 충남 보령시 오천면 효자도리 산1 | 충남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 49 | 납작도 | 11,306 | 충남 보령시 오천면 삽시도리 산45 | 충남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 50 | 대길산도 | 60,595 | 충남 보령시 오천면 녹도리 산12 | 충남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 51 | 대청도 | 286,017 | 충남 보령시 오천면 외연도리 산451 | 충남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 52 | 오도 | 301,690 | 충남 보령시 오천면 외연도리 산457, 산462, 399~405 | 충남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 53 | 추도(기름암포함) | 20,763 | 충남 보령시 오천면 녹도리 산3, 산30 | 충남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 54 | 횡견도 | 513,539 | 충남 보령시 오천면 외연도리 406~459, 산463, 산482, 산521, 산522 | 충남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 55 | 진섬 | 164,107 | 전남 완도군 신지면 월양리 산372 | 전남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 56 | 혈도 | 53,455 | 전남 완도군 신지면 동고리 산7-4 | 전남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 57 | 갈마도 | 38,777 | 전남 완도군 신지면 동고리 산7-2 | 전남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 58 | 불근도 | 102,545 | 전남 완도군 청산면 모도리 산631 | 전남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 59 | 섬어두지(어두도) | 114,147 | 전남 완도군 약산면 해동리 산1-1, 산1-2, 산1-3, 산1-4, 산1-5 | 전남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 60 | 원도2(두롱섬) | 205,091 | 전남 완도군 고금면 덕동리 산77, 산79, 산80, 산81, 산82-1, 산83-1, 산83-2 | 전남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 61 | 다라지도(낙타섬) | 6,473 | 전남 완도군 금일읍 장원리 산97 | 전남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 62 | 대병풍도 | 84,940 | 전남 완도군 금일읍 사동리 산258 | 전남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 63 | 소다랑도 | 19,636 | 전남 완도군 금일읍 사동리 산150-1 | 전남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 64 | 대칠기도 | 28,812 | 전남 완도군 금일읍 장정리 산359 | 전남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 65 | 중칠기도 | 10,980 | 전남 완도군 금일읍 장정리 산360 | 전남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 66 | 소칠기도 | 3,099 | 전남 완도군 금일읍 장정리 산358 | 전남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 67 | 비도 | 10,747 | 전남 완도군 금일읍 척치리 산519 | 전남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 68 | 송도 | 197,156 | 전남 완도군 금일읍 충동리 산402~산408 | 전남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 69 | 소사도(거북섬) | 28,908 | 전남 완도군 금일읍 충동리 산615 | 전남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 70 | 대사도 | 70,911 | 전남 완도군 금일읍 충동리 산616 | 전남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 71 | 재도 | 9,894 | 전남 완도군 금당면 가학리 산145, 산149 | 전남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 72 | 중화도 | 31,784 | 전남 완도군 금당면 육산리 산302 | 전남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 73 | 소화도 | 22,810 | 전남 완도군 금당면 육산리 산301 | 전남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 74 | 대연포초도 | 삭제 (환경부고시 '04-154호, 2004.10.9) |
| 75 | 소연포초도 | 1,587 | 전남 해남군 북평면 평암리 산174 | 전남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 76 | 송도 | 7,537 | 전남 해남군 황산면 옥동리 산75 | 전남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 77 | 갈도 | 32,430 | 전남 해남군 송지면 어란리 산50-1, 산50-2, 산51 | 전남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 78 | 채도 | 28,264 | 경남 하동군 금남면 중평리 산7 | 경남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 79 | 악도(장구섬) | 5,455 | 경남 하동군 금남면 중평리 산6 | 경남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 80 | 혈도 | 1,686 | 경남 하동군 금남면 대치리 산129 | 경남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 81 | 마도 | 61,785 | 경남 하동군 금성면 갈사리 산64~산68, 산70~산74 | 경남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 82 | 소마도 | 11,114 | 경남 하동군 금성면 갈사리 산75-1, 산75-2 | 경남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 83 | 오동도 | 4,264 | 경남 하동군 금성면 갈사리 산76 | 경남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 84 | 장도 | 17,368 | 경남 하동군 금남면 대도리 207 | 경남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 85 | 토도(토끼섬) | 21,818 | 경남 하동군 금남면 중평리 산1 | 경남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 86 | 소첨도 | 2,777 | 경남 하동군 진교면 술상리 산133 | 경남 | 2002.5.1 | 2차 |
| 87 | 오도 | 14,156 | 전남 신안군 자은면 고장리 산272 | 전남 | 2002.8.8 | 3차 |
| 88 | 두리도 | 119,765 | 전남 신안군 자은면 고장리 산219~산222 | 전남 | 2002.8.8 | 3차 |
| 89 | 죽도 | 20,430 | 전남 신안군 자은면 고장리 산263 | 전남 | 2002.8.8 | 3차 |
| 90 | 원도 | 17,653 | 전남 신안군 자은면 면전리 산90 | 전남 | 2002.8.8 | 3차 |
| 91 | 진목도 | 149,157 | 전남 신안군 암태면 신석리 산296, 산297, 산298, 산298-1 | 전남 | 2002.8.8 | 3차 |
| 92 | 왼섬 | 104,132 | 전남 신안군 암태면 수곡리 산135~산138 | 전남 | 2002.8.8 | 3차 |
| 93 | 소정섬 | 60,347 | 전남 신안군 압해면 고이리 산345, 산346 | 전남 | 2002.8.8 | 3차 |
| 94 | 대정섬 | 71,108 | 전남 신안군 압해면 고이리 산347~산350 | 전남 | 2002.8.8 | 3차 |
| 95 | 역도 | 265,190 | 전남 신안군 압해면 송공리 산232 | 전남 | 2002.8.8 | 3차 |
| 96 | 소허사도 | 242,459 | 전남 신안군 임자면 재원리 산358 | 전남 | 2002.8.8 | 3차 |
| 97 | 육타리도 | 삭제 (환경부고시 '04-194호, 2004.12.24) |
| 98 | 매섬 | 13,763 | 전남 신안군 임자면 이흑암리 225 | 전남 | 2002.8.8 | 3차 |
| 99 | 부남섬 | 96,507 | 전남 신안군 지도읍 당촌리 산278 | 전남 | 2002.8.8 | 3차 |
| 100 | 대섬 | 102,942 | 전남 신안군 증도면 방축리 산334 | 전남 | 2002.8.8 | 3차 |