방송 상으로는 동물장기와 완전히 동일하다고 소개되었으나, 동물장기에서는 상대 진영에 포로말을 놓는 것이 가능하다는 차이가 있다.
이 게임의 특성상 장기처럼 교착 상태가 있을 수 있으나, 반드시 어느 한 쪽이 승리해야 게임이 끝나는 지니어스 포맷 내에서는 교착상태를 인위적으로 피한다는 가정 하에 어느 한쪽이 반드시 필승인 구조라는 체르멜로 정리를 적용 가능하다.[1] 한편 이 게임의 원조격인 동물장기에서는 모든 가능한 수가 분석되어 후공 필승이라는 것이 알려져있다. 링크 참조(일본어). 십이장기의 경우의 수는 동물장기와 거의 비슷하다고 볼 수 있으므로 컴퓨터로 충분히 해결이 가능한걸로 추측되나 국내에서 특별히 공개되어 있는 수연구는 없다. 대신 장동민과 김경훈의 증언으로 볼 땐 독자적으로 연구하는 고인물들은 몇 명 존재하는 듯하다.
시즌3 결승전에 추가된 멀리건 아이템은 한 수를 더 두는 아이템이 아니라 자신의 수를 무르는 아이템으로, 결승전 아이템들은 양 선수가 최선의 수를 둘 때 승패에 영향을 미치지 못한다.
동물장기와의 차이점은 3가지이다. 동물장기에서는 따먹은 기물을 상대방 진영에도 놓을 수 있으나 십이장기에서는 그러지 못한다. 또한 동물장기의 경우 교착상태가 3회 이상 지속되는 경우 무승부가 되지만, 더 지니어스의 경우 승패가 확실히 갈려야 하므로 그건 삭제되었다. 그래서 게임이 안 끝나는 것이 가능하다.[2] 또 동물장기에서는 사자(왕)가 상대방의 진영 맨 끝 줄에 들어가면 바로 이기지만, 십이장기에서는 자신의 왕(王)이 상대방의 진영에 들어가 자신의 턴이 다시 돌아올 때까지 한 턴을 버틸 경우 이긴다는 것도 차이이다.[3]
[1] 체르멜로 정리는 턴 수가 유한하다는 가정이 필요하다. 동물장기의 경우 교착 상태가 3회 지속되면 무승부로 판정하나, 더 지니어스에서는 무승부가 나오면 안되므로 이는 없어졌다.[2] 십이장기에선 교착 상태를 먼저 깨는 쪽이 불리한 상황이 존재하므로 다른 모든 전략게임은 3회 반복을 금지하거나 무승부로 취급한다. 사실상 수십번 같은 수만 반복하는 재미없는 상황이 만들어질 수도 있었지만 다행히도 그러진 않았다.[3] 정확히는 동물장기의 승리조건은 '사자(왕)가 상대 진영에 들어갔을 때 사자가 잡힐 수 없어야 승리'이기 때문에 십이장기와 미묘하게 다르긴 하나 큰 의미는 없는 차이이다.[4] 악수.자신의 將으로 상대의 將을 잡았어야 했다.[5] 이 턴에서 오현민이 王C3를 두면 이기는 수였다.[6] 악수. C2에 둬야 했다. 이 수로 인해 추크츠방(zugzwang)(아무리 최선수를 두어도 결국 악수를 두게 되는 상황)이 된다.[7] 이 수가 나오자 오현민이 탄식을 내뱉는데, 오현민 입장에서 보면 해당 턴에서 무슨 수를 두더라도 장동민의 子의 전진배치가 확실시 된 상황에서 왕을 전진배치(D2 -> C1)하자니 장동민이 가지고 있는 將을 B1에 두기만 하면 王의 퇴로는 모두 차단 될 수밖에 없고, 그렇다고 왕을 가만히 두기엔 오현민의 王이 장동민의 候에게 직접적인 공격을 받고 王을 전진배치 할 수밖에 없을 것이다. 즉, 이 수가 나온 이상 오현민이 이기는 수는 없다.[8] 악수. 이 시점에서 오현민이 將을 B3 → A3으로 공격했으면 이길 수 있었다. 장동민은 자신의 王을 위협하는 오현민의 將을 잡을 수밖에 없고, 이후 오현민이 王을 B1으로 진출시킨다. 그러면 장동민은 오현민의 王이 A1으로 들어오면 패배하기 때문에 將을 A2에 둘 수밖에 없고, 이후 오현민이 子를 B3에 두면서 승리를 확정지을 수 있었다. 王과 相이 이렇게 앞으로 진출하면 공격 옵션이 이렇게 다양해 지기 때문에 김경훈 역시 No.30 시점에 "현민이가 굉장히 굉장히 유리해요"라고 말했던 것으로 보인다.[9] 악수. 子로 相을 잡았다면 외통수가 되지 않았을 것이다.