신세기 에반게리온에 등장하는 가상의 도시. 작중 일본의 수도이다.
본래대로라면 일본의 수도는 도쿄이어야 할 것이지만, 2000년 9월 13일 세컨드 임팩트가 일어나고 9월 20일 신형 폭탄의 공격으로 도쿄가 붕괴[1]하면서 일본 정부는 도쿄의 재건을 단념하고 다른 곳으로 천도를 하게 된다. (제1차 천도계획) 이에 따라 2001년 일본 국회는 잠정적인 수도를 나가노현 마츠모토시를 제2신동경시로 개칭해서 그곳으로 천도하게 된다. 그런데 왜 제3신동경시가 따로 있느냐고 하면 최종적으로는 그곳으로 천도할 예정이기 때문이다.
마츠모토시가 제2신동경시로 설정되어 있기는 하지만 작중의 지형이나 전망은 오바스테산 부근의 오바스테역이다. <에반게리온 연대기>에서는 마츠시로에 신 수도를 건설하는 것도 고려되었으나 최종적으로는 마츠모토시로 결정되었다고 나온다. 에반게리온 작중에서 마츠시로는 전략자위대 병기의 시험장과 마기의 백업이 보관된 네르프 제2기지가 있는 것으로 나온다.
인구나 도시 규모는 구 도쿄에 비하면 그 수준에 달하지 못한다고 보는 편이 일반적이라고 한다. 그런데 설정상으로는 유엔의 본부가 미국 뉴욕에서 이곳으로 이전했다고도 하니 국제적 위상 자체는 구 도쿄와 비교해도 그렇게까지 크게 낮은 편은 아닐 지도. 물론 네르프 본부가 위치한 제3신동경시에 비하자면 쩌리라는 건 부정할 수 없다.
마츠모토시를 제2신동경시로 설정한 것은 아무래도 안노 히데아키가 밀덕이다 보니 제2차 세계 대전 말기에 일본 제국이 폭격을 피해 마츠시로에 대본영을 둘 계획에서 착안했다는 분석이 많다.
슈퍼로봇대전 시리즈에서는 제3신동경시가 제2신동경시라는 명칭으로 등장하는 경우가 많다. 당연히 본래의 제2신동경시는 존재 자체가 증발한다.
작품내 기준으로 천황이나 황족들의 경우는 불명이나 교토에 가서 기거 했을 것으로 추정된다.