신한은행 스타리그 2006 시즌 3 24강 조지명식에서 마재윤을 지명한 전상욱은 그를 히치하이커에서 기분 좋게 꺾으며 3승으로 16강에 진출한다. 하지만 전상욱은 16강 조지명식에서 또다시 마재윤을 지명하였고(!!) 둘은 16강에서 재대결을 벌이게 된다. 당시 전상욱과 마재윤은 연간 다승 1위를 놓고 경쟁하는 사이였다. 전상욱 입장에서는 데뷔 4년만에 처음으로 온게임넷 스타리그에 입성한 마재윤의 싹을 밟아놓는 것이 급선무라고 여겼는지 그에게 과도한 집착을 보였다. 그러나 그 선택은 스스로 무덤을 파는 결과를 낳았으니... 16강 첫 경기에서 유리했던 경기[1]를 엘리전 끝에 역전패한 전상욱은 결국 1:2로 패배하며 리그에서 광탈하게 된다.
당시 전상욱은 가장 강력한 우승후보 중 하나였고, 16강에서 마재윤을 지명하지 않았다면 광탈할 확률은 적었을 것이라는 게 팬들의 견해이다. 하지만 마재윤에 대한 과도한 집착은 그를 탈락으로 내몰았고, 결국 그 이후 그는 한동안 온게임넷 스타리그에 복귀하지 못하게 된다(...). 반면 승리한 마재윤은 4강에서 변형태와 길이 남을 명승부를 펼치고 결승전에서도 이윤열을 상대로 가볍게 우승, 로얄로더가 되었다. 이 과정에서 16강에서 전상욱과 벌였던 치열했던 승부는 많은 팬들의 뇌리에서 잊혀지고 말았으니...
신한은행 프로리그 2007 전기리그에서는 12승 4패로 에이스급 활약을 보여주었으나, 당시 팀이 개막장 상황에 에이스 결정전 필패 본능을 보여주었던지라(...) 좀 빛이 바랬다. 게다가 그나마 잘 나가던 프로리그와는 180도 대조적으로 개인리그에서는 영 부진해서 Daum 스타리그 2007 듀얼 토너먼트에서는 윤용태와 김택용에게 연속으로 일격을 당하며 PSL로 추락. 아울러서 곰TV MSL 시즌2 이후로 MBC GAME 스타리그에서도 PSL로 떨어졌고, 신한은행 프로리그 2007 후기리그에서는 프로리그[2]고 개인리그[3]고 다 부진하며 팀도 본인도 최악의 슬럼프를 겪는다.[4]
전체 전적 49승 34패.
[1] 탱크를 몇 기만 살렸어도 이길 수 있는 경기였는데, 호위 병력 없이 탱크만 방치했다가 저글링에 모조리 잃는 악수를 두고 만다.[2] 5승 7패.[3] 어느 쪽 개인리그에도 이름을 올리지 못했다.[4] 시즌 도중이던 11월 10일에는 부친상을 당했다. 더 슬픈 것은 이 날 경기에서 배병우한테 패했다는 것. 이 때문인지 팀원들이 삭발할 때도 혼자 삭발하지 않았다.