이번 시즌부터 규정에 큰 변화가 생겼다. 먼저 이 대회 참가 자격에 있어서 지역 리그 에서의 성적과 일본 풋볼 리그(JFL) 입회의 의사가 규정에 포함된 것이다. 이전까지는 전국 사회인 축구 선수권 대회의 전국 지역 축구 챔피언스 리그 출전권 부여 방식에 있어서 선수권 대회 3위 이내의 성적만 기록하면(3위 이내에 지역 리그 우승팀이 있을 경우 4위까지 선발) 출전권 부여에 별다른 제한을 두고 있지 않았지만 이번 시즌부터는 JFL을 희망함과 동시에 지역 최상위 리그에서 2위 또는 3위의 성적을 기록해야 출전권을 부여받을 수 있는 규정이 생겼다. 즉, 도도부현이나 지역 2부 리그에서 JFL로 한번에 2단, 3단 승격하는 것이 불가능해졌으며, JFL 입회를 희망하지 않을 경우에도 출전권 부여가 되지 않는다. 또한 지역 리그 2위 팀들을 돌아가며 선발하는 규정에도 JFL 입회를 희망해야한다는 조건이 생겼다. 입회를 희망하지 않을 경우 다음 순번의 지역 리그 2위에게 출전권이 넘어간다.
경기 일정과 규칙에도 변화가 생겼다. 먼저 1경기 당 교체할 수 있는 인원 수가 최대 5명으로 제한되었다. 그리고 빡빡했던 일정이 조금은 느슨해졌는데 이전까지는 결승라운드도 휴식일없이 3일 연속으로 했지만 일정이 너무 가혹하다는 의견이 제기되어서 이번 시즌부터 결승라운드에 중간 휴식일이 하루씩 생겨 총 5일간의 결승 라운드 일정이 생긴다. 즉, '경기일-휴식일-경기일-휴식일-경기일' 순의 일정이 된다. 단, 1차 라운드의 일정은 이전 시즌과 같다. 승점 부여 방식도 변경되어 90분 무승부 이후 승부차기를 통해 승점 부여(PK 승리팀은 2점, PK 패배팀은 1점)를 하는 방식이 사라지고 90분이 지나면 무승부로 처리를 하여 각각 승점 1점씩 나눠가지는 방식으로 바뀌었다.
2018시즌 출전권 부여 규정을 정리하면 다음과 같다.
1. 각 지역 리그 우승팀에게 출전권을 부여한다. (총 9팀)
2. 전국 사회인 축구 선수권 대회 4위 이내의 팀들 중 JFL 입회를 희망하고 지역 최상위 리그 성적이 3위 이내인 팀을 선별한다. (최대 3팀)
3. 각 지역 리그에서 2위를 차지한 팀들 중 J리그 백년구상 클럽들만 선별하여 보충한다. 여러 팀이 존재할 경우 J리그 백년구상 클럽에 승인된 순서를 기준으로 빠른 팀부터 선별하여 보충한다.
4. JFL 입회를 희망하는 각 지역 리그 2위 팀들을 한정으로 간토→간사이→규슈→도카이→홋카이도→주고쿠→호쿠신에쓰→도호쿠→시코쿠 순으로 매년 돌아가며 보충한다.
크게 1차 라운드와 결승 라운드로 나누어 진행하며, 1차 라운드에서는 그룹 당 4개팀씩 세 그룹으로 나누어 리그를 진행한다. 한 팀은 다른 세 팀과 한경기 씩 총 3경기를 치르며, 각 그룹 1위 3팀과 2위 팀 중 가장 성적이 좋은 한 팀이 결승 라운드에 진출한다. 결승 라운드도 1차 라운드와 동일하게 한팀은 다른 세팀과 한경기씩 총 3경기를 치른다.
협회는 3팀의 홈 경기장을 미리 정해 1차 라운드 각 그룹에 한 경기장씩을 배정한다. 즉, 1차 라운드가 끝날 때까지 계속 동일한 경기장에서 경기를 치르게 된다. 결승 라운드는 중립 구장에서 치러지며 역시 라운드가 끝날 때까지 계속 동일한 경기장에서 경기를 치른다.
1차 라운드와 결승 라운드 모두 승부차기와 연장전이 존재하지 않고 90분이 지나서 동점이 되면 무승부로 처리하게 된다.
1차 및 결승 라운드는 승리 시 3점, 무승부 시 1점, 패배 시 0점의 승점을 부여하며 먼저 승점을 기준으로 순위를 가린다. 승점이 같을 경우 득실차 > 팀 득점수 > 해당 팀들 끼리의 맞대결 성적 > 반칙 포인트 순으로 순위를 가리고 그래도 순위가 정해지지 않을 경우 추첨을 실시한다. 단, 각 그룹의 2위를 비교할 때에는 해당 팀들 끼리의 맞대결 성적은 기준에서 제외된다.
[1] 現 도치기 시티 FC[2] 現 Cento Cuore HARIMA[3] 現 베로스크로노스 츠노[4] 現 아틀레티코 스즈카 클럽[5] 마지막 구단명 FC 카구라 시마네, 2023년 해체[6] 現 후쿠이 유나이티드 FC의 전신, 2018년 해체[7] 원래대로라면 받을 순서가 아니지만 홋카이도 지역 리그 2위인 놀브리츠 홋카이도 FC와 주고쿠 지역 리그 2위인 미쓰비시 모터스 미즈시마 FC가 JFL 입회를 희망하지 않아 그 다음 순번인 호쿠신에쓰 지역 리그 2위인 알티스타 아사마가 받았다.