1. 개요
현재 아래 서술된 문제점들이 해결되었으니 역사로만 알아두자.Ubuntu는 Linux 배포판이면서도 대부분의 배포판이 지향하는 표준을 사용하지 않겠다고 선언하여 논란이 된 경우가 많다. 몇 년 전만 해도 이렇지 않았는데, 현재 Linux를 오래 사용해 온 사용자층 중 Ubuntu 이야기만 꺼내면 이부터 바득바득 가는 사람들도 있다. 단, 일반 사용자들이 느끼는 Ubuntu의 사용성에 관련된 부분은 아니니 Ubuntu를 써보려는 사람이었다면 아래 문단을 보고 Ubuntu를 피하지는 말자.
2. 아마존닷컴 광고 논란
Ubuntu 12.10 부터 Ubuntu의 기본 애플리케이션 매뉴인 Dash에서 검색을 하면 그 검색어에 해당하는 아마존닷컴 쇼핑 결과가 뜨게 되었다. 이는 오픈 소스의 정신에 대한 논란을 일으켰으며, 리처드 스톨먼은 심지어 Ubuntu를 스파이웨어(애드웨어)라고 부르기도 했다. 오픈 소스 프로그램에 사생활을 침해할 위험이 있는 검색 기능이 자동으로 켜져 있다는 것에 대해 거부감을 가진 사람들이 매우 많았다. 게다가 아마존 검색 결과는 관련성이 떨어져 스팸에 가까웠다.현재는 Dash의 검색 기능이 작동하는 구조가 바뀌어서 이런 문제는 없다. 20.04 LTS에서는 아마존 웹앱을 완전히 제거하였다.
3. MIR 논란
2013년 초, Ubuntu 메일링 리스트에서 기존의 X11을 대체하기 위해 Ubuntu 개발 팀이 자체 디스플레이 서버를 작성할 수 있다는 가능성이 제시되었다.관련글 Wayland가 X11을 대신해 차세대 디스플레이 서버가 될 것이라는 것이 Linux 커뮤니티의 암묵적 동의 사항이었고, 몇 년 전 Ubuntu도 X11 대신 Wayland를 사용하겠다고 발표한 적이 있는지라 큰 논란이 촉발되었다. Wayland는 Why Linux Sucks에서 몇번 이야기가 나왔었다. X11이 있는데 괜히 똑같은 것을 이름만 바꾸고 릴리즈하는 것에 대해 욕을 했다. 물론, X11도 언급되었다. X11은 이제 옛날 프로그램인데, 아직도 사용하고 있고, 그것을 대체할 제대로 된 프로그램이 아직도 안 나왔었던 것에도 욕을 먹었다. 지못미.배포판에 따라 디스플레이 서버가 다르면 드라이버 지원도 어려워지는데다가 Qt, GTK 등 Linux 데스크탑에서 사용되는 주요 GUI 툴킷들 역시 두개의 디스플레이 서버를 지원해야 함에 따라 개발 부담이 커지기 때문이다. 그러나 Ubuntu 개발팀 측에서는 아직 하나의 가능성일 뿐이라며 논란을 일축했다.
그러나 불과 한 달 만에 Ubuntu 개발팀은 입장을 바꾸고 자체 디스플레이 서버인 MIR을 발표한다. 관련글 이로 인해 엄청난 논란이 일어났다. KDE, GNOME 데스크탑 팀에서는 MIR을 따로 지원하지 않을 것이라 밝혔으며, Wayland 개발을 지원하겠다고 약속했다. 인텔은 자사 그래픽 카드 드라이버에서 MIR 지원을 위한 패치를 삭제하는 등 강경한 태도를 보였다. 많은 사용자들은 'Linux'와 'Ubuntu'의 거리를 넓히는 행동이라고 비판했다.
한편 Ubuntu 팀에서는 모바일/태블릿 지원을 위해서 자신들이 통제하는 디스플레이 서버가 필요하며, 몇 년째 이렇다할 성과를 내지 못한 Wayland에 비해 MIR은 분명 혁신적인데도 오픈 소스 개발자들이 Ubuntu를 불공정하게 차별하고 있다고 주장했다. Ubuntu는 MIR용 GTK 백엔드를 직접 작성하였으며, MIR 역시 한동안 계속하여 개발되었다.
2016년에는 Ubuntu의 기본 디스플레이 서버가 될 수 있다는 추정도 나왔고 관련 글, 실제로 16.10부터 기본 디스플레이로 탑재될 것이라고 공지했으나 결국 연기되어 Ubuntu에 기본 디스플레이 서버로 탑재되는 일은 없었다. 17.10부터 독자적인 Unity GUI를 버리고 Wayland와 xWayland(X11 호환 Wayland)를 MIR 대신 사용하기로 결정되어 이 또한 옛말이 되었다. 미르니 웨이랜드니 할 것 없이 하드웨어 제조사가 끼지 않으면 힘들고 그냥 에뮬레이터용이다.
그 이후 Mir는 캐노니컬에서 IoT용으로 비공개로 개발하고 있다고 한다. # 하지만 캐노니컬이 스마트폰용 Ubuntu Touch를 접으면서 Mir는 사용할 용도가 없어서 역사 속에 사라질 것으로 예상된다.
21.04 버전에서 기본적으로 Wayland를 사용하기로 결정 되었다관련 글
4. snap 관련 논란
21.10 버전부터 Firefox가 Snap 버전으로 들어가게 되는 등 snap의 비중이 커지기 시작했다.23.10 버전부터는 데비안 패키지가 있더라도 해당 패키지가 snap 버전이 있을 시 snap 버전을 우선으로 설치하고 데비안 패키지 파일을 기본적으로 열 수 없게 바뀌어서 비판을 받고 있다. 데비안 패키지를 설치하려면 명령어를 쓰거나, GDebi를 설치해야 한다.