1970년대 중반, 형 힐베르토와 함께 마약 밀매에 본격적으로 뛰어들면서 칼리 카르텔의 핵심 인물로 부상했다. 경쟁 조직이었던 메데인 카르텔과는 달리, 칼리 카르텔은 더욱 은밀하고 조직적인 방식으로 사업을 확장했다. 미겔은 주로 자금 관리와 국제적인 유통망 구축에 핵심적인 역할을 수행하며 카르텔의 성장에 크게 기여했다. 그는 뛰어난 사업 수완과 냉철한 판단력으로 카르텔 내에서 신뢰를 얻었으며, 형과 함께 카르텔의 공동 지도자로서 막강한 영향력을 행사했다.
칼리 카르텔은 코카인 밀매뿐만 아니라 납치, 살인, 돈세탁 등 다양한 범죄 행위에 연루되었으며, 콜롬비아 정계와 재계에도 깊숙이 침투하여 부패를 조장했다. 미겔은 이러한 불법적인 활동을 통해 엄청난 부를 축적했으며, 한때 세계에서 가장 부유한 범죄자 중 한 명으로 손꼽히기도 했다.
2005년, 미국으로 인도되어 마약 밀매 혐의로 다시 기소되었다. 그는 2006년 유죄를 인정하고 30년 형을 선고받았다. 현재까지 미국 연방 교도소에서 수감 생활을 이어가고 있다. 형인 힐베르토 역시 미국으로 인도되어 같은 형량을 선고받고 복역하다가 2022년에 사망하였다.