기존 작품에 등장하는 파일럿들의 추가과 함께 새로 도입된 서포트 시스템을 위한 히로인 캐릭터, 오리지널 파일럿과 오리지널 오퍼레이터가 추가되었으며, 전작보다 등장 기체가 대폭 추가되고 원작재현 이벤트를 구현하기 위해 시나리오가 추가되거나 기존 시나리오가 보완, 그리고 시나리오 모드의 경우는 설명을 위한 애니 컷과 별도의 멘트가 추가되었다.
파이터 모드에서 노멀 모드와 리얼 플라이트 모드로 나누어 플레이할 수 있다. 노멀 모드는 전작과 동일한 시스템으로 플레이하는 것이고 리얼 플라이트 모드는 일종의 간이 에이스 컴뱃 모드라고 보면 된다. 물론 진짜 에컴같이 리얼 플라이트를 할 수 있는건 아니다. 또한 적의 미사일에 록온되었을 경우 기체 주위에 록온된 미사일의 수만큼 < 표가 표기되게 되었다.
전투하기 전에 서포트 캐릭터를 골라 참전할 수 있는데 모든 캐릭터를 서포트로 사용이 가능하지만 각 시리즈의 히로인들 중에서는 서포트로만 사용이 가능한 캐릭터[1]가 있으며 서포트는 전투에 직접적으로 참전하지는 않지만 파일럿과 파트너에게 스킬을 사용하여 서포트 할 수 있게 하는 시스템이다. 또한 전투 중에 파트너가 적에게 격추되었을 때 구조할 수가 있는데 파트너의 기체에 접근하면 약간의 체력이 회복되지만 구조하는 동안에는 가만히 있기 때문에 적의 공격을 당할 위험이 있다.
전체적으로 건담 배틀 시리즈를 벗어나지 못했던 마크로스 에이스 프론티어였던지라 해금방식도 건담 배틀 크로니클과 많이 비슷했는데, 이번작에서는 "냥냥샵"이라는 요소가 추가되면서 추가적으로 화폐 요소가 생겨났다. 전투 후에 얻는 냥냥 포인트로 파일럿, 기체[2], 음악, 배경화면, 추가 모드등을 구입할 수 있으며, 구입량에 따라 레벨이 올라가고 구입할 수 있는 요소가 늘어난다.
물론 전작인 마크로스 에이스 프론티어 처럼 미션 S 노가다를 뜀으로써 어느 정도 해금[3]할 수는 있지만, 일부 기체나 일러스트는 무조건 상점에서 구입해야한다.
그래서 건담 배틀 시리즈처럼 볼륨이 늘어난 후속작이 발매될 거라는 의견이 많았으며 당연하게도 후속작 포석이 나왔다. 결국 마크로스 트라이앵글 프론티어가 발매되었다. 반다이남코의 특기인 우려먹기가 작렬한 일례.
[1] 대표적으로 초시공요새 마크로스의 린 민메이나 마크로스 프론티어의 셰릴 놈, 란카 리 등. 이 파트에 해당되는 캐릭터는 서브 파일럿으로 사용할 수 없다.[2] 이미 보유하고 있는 기체(파란색 글씨)는 추가 튠 포인트가 제공된다.[3] 모든 미션(숨겨진 미션, 크로니클, 에너미 미션 전부 포함)을 S 이상으로 클리어하면 냥냥삽이 무료화되어서 모든 컨텐츠를 포인트에 관계없이 구입할 수 있다.