점령된 도시에서만 찾아 볼 수 있으며, 점령된 도시를 합병 할 수 있는 시스템이다. 도시를 합병하면 자원 생산량이 25%에서 50%로 늘어나며, 유닛을 동원 할 수 있게되지만 비용이 많이 들고 효율적이지 않아 본토 도시 갯수가 절망적으로 적은 경우가 아니면 보통 잘 쓰이지 않는다.
육군 기지
방위군를 제외한 모든 보병, 기갑, 지원 등 육군 유닛 동원할 때에 필요한 건물이다. 차량화 보병, 전투 정찰 차량 등 기초적인 유닛은 1단계, 대부분의 유닛은 2단계, 일부 지원 유닛은 3단계 이상의 육군 기지가 필요하다.
공군 기지
대부분의 맵에서 플레이어블 국가의 시작 수도에 레벨 1 공군 기지가 건설되어있다. 전투기, 헬리콥터, 폭격기, 공수부대 등 공군과 관련된 유닛을 동원하려면 필요하다. 유닛이 이착륙 할 수 있도록 해주고, 단계마다 5%의 자원생산 보너스가 있다. (예시: 5단계는 25%)
해군 기지
모든 항구 도시에 기본적으로 레벨 1 해군 기지가 건설되어 있는데, 특이하게 절대로 파괴할 수 없다.[2] 잠수함, 구축함, 해군 보병 등 해군 관련 유닛을 동원하려면 2렙 또는 그 이상의 해군 기지가 필요하다. 여기서 유닛이 승선과 하선을 할 수 있으며, 단계마다 승선 시간이 10% 줄어들고, 5%의 자원생산 보너스를 제공한다.
고용 사무실
방위군을 동원할려면 필요한 건물이다. 건설 시간이 짧은 편이고 유닛 동원 속도와 인력 생산량을 높여줘 부담 없이 건설하기 좋다.
무기 공장
보병 유닛, 전투 정찰 차량, 장교를 제외한 유닛을 동원할 때에는 무기 공장이 필요하다. 단계마다 자원 생산이 10% 늘어나는 관계로 내정의 핵심 건물중 하나. 다른 플레이어가 점령하면 건물이 파괴되니 주의할 필요가 있다.
비밀 무기 연구소
미사일, 스텔스 항공기, 일부 시즌 유닛 등 고급 병종을 동원하기 위해 건설해야 하는 시설이다. 지도에 나타나지 않고, 다른 플레이어가 정복하면 파괴된다.
군용 병원
단계마다 도시의 회복력을 1씩 높여준다, 5렙 기준 일당 6를 회복한다. 설명에서는 인구 증가 속도를 눈에 띄게 올려준다고 하지만 현실은 증가량이 매우 미미하다(...).
지하 벙커
레벨에 따라 특정 건물을 보호하고, 도시 주둔군에게 방호력을 제공하며 사기도 올려준다. 무기 공장과 더불어 본토 내정의 핵심 건물중 하나.
도시나 지방을 선택하면 왼쪽하단에 사기가 표시된다[3]. 사기에 따라 도시, 지방의 자원 생산량이 바뀌고, 사기가 34% 이하로 떨어진 도시에서 일정확률로 반란이 일어난다. 따라서 도시를 점령하게 되면 사기가 34%가 될 때까지 반란 진압용으로 소량의 군대를 며칠간 주둔시키는게 좋다. 제 3차 세계대전 및 플래시포인트 등 캠페인에서 등장하는 반군은 폭도에 불과해 보병 한 마리만 배치해도 충분히 진압할 수 있지만, 최후의 밀물을 포함한 일부 캠페인에서는 반군이 상당히 강력하니 주의. 일단 반군 출현 확률은 군대 주둔 그 자체만으로 줄일 수 있으니 반군이 강하든 약하든 점령지에 군대를 꼭 주둔해주자. 도시 사기가 34% 이하일 경우 불 타는 모습으로 보인다. 참고로 지방에서는 반란이 일어나지 않으므로 지방까지 군대를 배치할 필요는 없다.