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| <nopad> 참여정부 | <nopad> 이명박 정부 | |||
| 초대 황하수 | 제2대 이관세 | 제3대 홍재형 | 제4대 엄종식 | |
| <nopad> 이명박 정부 | <nopad> 박근혜 정부 | |||
| 제5대 김남식 | 제6대 김웅희 | 제7대 양창석 | 제8대 설동근 | |
| <nopad> 박근혜 정부 | <nopad> 문재인 정부 | |||
| 제9대 천해성 | 제10대 김기웅 | 제11대 한기수 | 제12대 김의도 | |
| <nopad> 문재인 정부 | <nopad> 윤석열 정부 | |||
| 제13대 정승훈 | 제14대 김창현 | 제15대 추석용 | 제16대 이상민 | |
| 2023년 폐지 및 남북관계관리단으로 격하 | ||||