1. 라오항공 여객기와의 충돌 사고
2022년 12월 19일 9시 50분경 인천국제공항 제1터미널 계류장에서 라오스 비엔티안행 라오항공(QV924/RDPL-34199) 여객기가 견인 중이던 에어프레미아(HL8517) 항공기와 충돌하였다. 지상조업사에 의해 견인 중 발생한 사고이기 때문에 에어프레미아 측 과실은 없다. 관련뉴스해당 사고의 여파로 사고기가 12월 23일 취항 예정이던 인천-나리타노선의 기재가 HL8387, HL8388로 변경됐으며, 인천-호찌민 노선의 경우 에어프레미아 측에서 대체 항공편을 검토 중이라 밝혔다.
2022년 12월 23일, HL8517의 수리가 완료돼 익일부터 다시 운항을 시작했으며 12월 23, 25일의 인천-호찌민 노선은 아시아나항공의 대체 항공편으로 운항했다.
2. 에어프레미아 731편 회항 사고
2024년 4월 29일 인천발 일본 도쿄행 YP731편(HL8517)이 이륙 후 약 40분이 지난 9시 39분, 기내 여압 장치 이상이 발생해 인천으로 회항했다.
3. 에어프레미아 132편 회항 사고
2024년 7월 16일 미국 뉴욕발 서울행 YP132편이 일본 상공에 접근 중 응급환자의 발생으로 인하여 도쿄 국제공항에 회항했다. 승무원의 노력에도 불구하고 응급환자는 끝내 사망했다.
에어프레미아 측 과실로 인한 사고는 아니었지만, 대한민국 저비용 항공사 사상 최초 사망사고로 화제되었고, 항공편은 예정 도착시간보다 2시간 가량 지연되었다.
4. 에어프레미아 5211편 회항 사고
2024년 7월 30일 인천발 노르웨이 오슬로행 YP5211편(HL8516)이 이륙 후 기체 이상으로 카자흐스탄 상공에서 회항을 결정하고 다시 인천공항으로 회항했다.