스토리는 주인공(유희)이 등교하던 중 어떤 소라 하나를 줍게 되었는데, 깜박 잠이 들었다 깨니 심연 속 학교였다. 이후 '심연 추종자'라는 학교의 관리자로부터 10층까지 올라오면 원래 세계로 돌려보내주겠다는 종이와 탈출을 도와주겠다는 세영의 쪽지를 발견하고 탈출하는 게 게임의 시작이다.
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【 스포일러 】
유희가 10층에서 세영이 모아온 트랩들을 완성해 심연 추종자를 봉인하지만, 이후에 밝혀진 진실은 주인공은 심연 학교로 끌려온 게 아니라 처음부터 심해의 힘에 의해 복제된 존재였다는 것이다. 진짜는 깜박 졸았다가 학교 친구들이 깨운 걸 시작으로 스토리에 얽히적 없이 평범히 학교 일과를 마치고 집에서 쉬고 있을 뿐이었다. 학교에 퍼져있던 심연 좀비들은 탈출에 실패[1]하거나 자신이 복제된 존재라는 진실을 받아들이지 못하고 자아가 붕괴된 존재들이였던 것. 이런 환경 속에서 유희(복제)가 올 때까지 유일한 생존자였던 세영은 심연 학교로 끌려온 이들이 어떤 결말을 맺는지 잘 알고 있었기에 메모에서 적은 친절한 어투와는 반대로 실제 첫 만남에서 까칠하게 굴었다.
그러나 유희는 모든 진실을 알았음에도 절망하지 않았고 1층 급식실로 향한다. 한편으로 세영은 유희는 좀비들과는 다를 것이라는 희망을 품고 10층부터 1층까지 내려가며 유희를 찾는다.[2] 마침내 급식실에서 유희를 찾은 세영은 그녀에게 샌드위치를 받으며[3], 앞으로 학교에서 세영과 같이 살아가고자 하는 것으로 훈훈하게 마무리된다. 이후 수영장을 비롯한 추가 스토리에서는 서로 의지하며 잘 살고 있다.
새끼 심연아귀 봉봉은 수영장 스토리에서 새로 등장하는데, 수영장 퍼즐들을 다 풀개되면 애완동물로 얻게 된다. 봉봉은 과거 수조 안에 오랫동안 갇혀있었던 탓에 새끼에서 더 성장하지 못하고 있으며, 그동안 유일하게 함께 있었던 고양이 조각상의 표정을 따라했었기에 다른 심연아귀와는 반대로 입이 고양이 상인 게 특징이다. 게다가 두 주인공을 대하는 태도도 다른데 유희에게는 애교도 부리고 살갑게 대하는 반면, 세영의 경우에는 유희에게 장난을 칠 때마다 이를 괴롭힌다고 인식하고 있어선지 서열정리 대상으로 여기고 있다.
이 게임에 주적으로 기본적으로 일반 버전과 엘리트 버전이 존재한다. 이들은 본래 심연 추종자에 의해 심연 학교로 끌려온 이들로, 탈출해 실패하거나 자신들의 진짜 정체를 알게 된 뒤 자아가 붕괴해 된 존재이다.
비아비
심연 추종자 삽화
어비스 스쿨의 관리자이자 메인 빌런. 인게임 상에선 '심연 추종자'로 불리며 유희를 어비스 스쿨로 보낸[스포일러] 장본인이다. 설정에 의하면 원래 심해 학교는 동족들에 비해 뒤떨어졌던 심연 추종자[5]를 딱하게 여긴 심해의 신이 관리인으로 임명한 거였지만, 심해 관리자는 이를 곡해서 신을 기쁘게하기 위해 각종 트랩을 만들고 희생자를 데려온 것이었다고 한다.
최후에는 유희가 각종 트랩을 한꺼번에 준비해두고 유인하여 양 팔과 다리, 머리가 전부 트랩에 구속당해 무력화된다. 죽지는 않은 모양이지만 세영의 말에 따르면 당분간은 움직이지 못할 것이라고 한다.
이후 오랫동안 등장이 없다가 사이드 스토리에서 다시 등장한다. 여기서 드러나는 본명은 '비아비'이며, 세이렌 종족 출신이지만 그들 기준으로 못생긴 외모였는데다 매혹 마법도 쓰질 못해서 왕따였다고 한다. 이후 동족들의 괴롭힘은 극에 달해 해초에 몸을 구속당해 심해의 신의 영역에 던져졌으며, 그녀를 구해준 심해의 신에 의해 조수가 된 것이었다. 이후 오랫동안 자리를 비워야할 것을 예견했던 심해의 신은 자신의 유물 중 하나를 그녀에게 주었다. 본래는 다른 차원의 생명체를 복사하는 유물의 힘을 활용해 혼자남을 비아비가 적적하지 않았으면 하는 의도였지만, 막상 그녀는 이를 오해해 심연 학교를 비롯한 각종 크리쳐와 트랩들을 만들었다. 그리고 이 유흥거리를 돌파할 참가자들도 복사해 오기 시작한 것.[6]
이후 정신을 차린 심연 추종자는 마침 자기 근처서 야구를 하고 있던 유희와 세영에게 자길 풀어달라고 빈다. 당연히 당한게 많았던 그녀들은 이를 무시하려고 했지만, 비아비는 자길 풀어주면 심연 좀비로 변해버린 이들을 다시 원래 모습으로 되돌려주겠다는 말을 하며 스토리가 끝난다.
[1] 진행구간 곳곳에 놓여있는 트랩들에게 잡히면 심연 좀비로 변형된다는 언급이 있다.[2] 세영으로 플레이 할때 야구방망이로 심연 좀비들을 두들겨 팬다.[3] 상하지만 않으면 100년은 더 먹을 거 같은 양의 식재료가 잔뜩 남아있다고 한다.[스포일러] 복사해온[5] 생김새를 보면 손에는 물갈퀴가 있고 이빨도 상어이빨이다. 전작에 등장한 다크 세이렌보다 여러 면에서 뒤떨어진다는 사실을 드러내는 장치.[6] 이들 중 비아비가 가장 맘에 들어했던 참가자가 바로 세영이며, 다른 생존자들을 도와 자신이 만든 트랩들을 돌파하는 그녀에게 더 관심이 생겼다고 한다. 허나 탈출에 실패하거나 진실을 알아 세영 외 다른 생존자들은 죄다 심연 좀비로 변했고, 이에 절망하는 세영을 보며 비아비는 세영과 걸맞는 의지의 소유자를 찾기 시작했으며 그렇게 복사해온 존재가 바로 유희였다고 한다.[7] 9층 중반부의 구조와 관리자 등장컷이 다크 세이렌에서 봤던 구도와 완전히 똑같다