1. 이재명 성남시장과의 설전
10월 13일 국정감사에서 이재명 시장에게 성남시 청년배당을 들먹이며 '왜 성남시상품권으로 지급하냐', '청년들이 해당 상품권을 현금으로 거래하거나, 그들의 역량 발전을 위한 곳에 쓰지 않고 연인과의 데이트, 가방 구입, 자전거 구입 등 개인적인 용도로 사용하는 등 부작용이 있다'며, 왜 청년들을 의심하게 만들고, 청년들을 분열시키는 복지를 하느냐고 따졌다. '다른 좋은 복지서비스들을 얼마든지 구현할 수 있는데 왜 굳이 공짜로 돈을 지급하는 수단으로 복지정책을 펴느냐'면서 무상복지를 이재명 시장의 지지율 상승을 위한 홍보 수단으로 사용하고 있다고 공격하였다.그러나 이재명 시장은 "그렇다면 좋은 방법 있으면 주십시오. 제가 하겠습니다"라고 반박했다. 이재명 시장의 발언을 간단히 요약하자면, "연말에 남아도는 예산 쓴다고 이미 잘 깔려 있는 도로를 쓸데없이 다시 깔거나, 의미 없는 토목공사[1]를 하는 등의 행동을 하지 않고, 정부 지원을 한 푼도 받지 않고도 성남시의 빚을 다 갚았으며, 그 빚을 갚고도 예산을 아끼고 아껴 노인 복지, 장애인 복지 등에 사용하고, 거기서 또 남는 금액 중 일부를 청년예산에 사용하였다"고 하였다.
실제로 이전 성남시장인 새누리당 이대엽 전 시장은 현재와 비슷한 수준의 예산을 가지고도 후임 성남시장에 무려 6,000억이 넘는 빚을 떠넘겼다. 이 많은 빚을 정부 예산 한 푼도 없이 이재명 시장이 다 갚았고, 매 분기마다 25만 원 상당의 성남시상품권을 청년들에게 '청년 배당'이라는 이름으로 복지정책을 실시하고 있다. 이 시장은 마지막으로 "복지는 헌법에도 정해져 있는 국가의 의무이며 국민의 권리이다. 복지는 당연히 해야 하는 건데, 왜 복지정책 시행하는 것을 가지고 포퓰리스트니 뭐니 하는 비난을 들어야 하는지 납득이 되지 않는다." 고 덧붙였다.
그리고 "의원님은 청년이시지만 벌써 기득권에 포함되셔서..." 라는 대답으로 청년에 대한 힘든 상황에 대해 얘기하며 4대강 사업 등 무리한 토목공사에 대해 예를 들며 답변하자, '먼저 말한 것처럼 기득권에 포함된 일반 국회의원처럼 본질을 흐리는 말씀 하시지 마시구요' 라고 말하여 청년들로부터 많은 비판을 받게 되었다.
이 시장의 발언 도중에 신보라 의원은 대놓고 큰소리로 한숨을 쉬며 비꼬아서 비난을 받았다. 또한 이재명 시장이 발언하는 도중에 끊고서 계속 "간단히 이야기하라" 거나 "본질을 흐린 이야기" 라며 트집을 잡았다. 이런 모습에 위원장이 신 의원을 제지하고 이 시장에게 발언권을 주었다.[2]
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2. 소송 의혹 논란
2016년 12월 7일. SBS 뉴스에서 국가의 책임을 판결 내린 판사를 추적해서 윗선의 지시로 판사 자질에 대한 소송을 내는 데 앞장섰다는 의혹이 있다.# 김영한 민정수석의 수첩에 적힌 내용을 보면 연관성을 의심할 만하지만, 일단 직접적 증거가 없는 만큼 본인은 부인하고 있고 있다. (청와대, 현직 판사 인사 개입 의혹) 문제는 대법원탄원서를 작성한 사람과 건넨 사람도 블러 처리가 되었지만, 건넨 사람의 블러 누가 봐도 신보라였다는 것이다.원문보기
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3. 공천 논란
이런 와중에 또 다른 의혹이 제기되었는데 신보라 의원의 남편이 공천심사를 하는 공천관리위원과 아주 밀접한 관계임이 드러나면서 공천의 공정성이 여론의 도마 위에 오르게 된 것이다. 신보라 의원의 남편은 노영래 씨인데, 노영래 씨가 은평 갑 새누리당 후보인 최홍재 후보의 선거 사무장이고 새누리당 공관위원인 최공재 씨가 최홍재 후보의 동생임이 밝혀지면서부터 새누리당 비례대표 선정의 공정성 문제가 논란이 되기도 했다.시작한 것이다.4. 화이트리스트 연루 의혹
2017년 9월 26일 검찰이 박근혜정부가 보수단체를 동원해 관제시위를 주도한 소위 '화이트리스트' 수사를 시작하며 여러 민간단체 사무실을 압수수색 했는데, 이 단체들 가운데 '청년이 여는 미래'와 '청년이 만드는 세상'의 대표와 대변인으로 활동한 경력이 있기에 이에 대한 의문이 제기되었다. 한겨레 경향신문 서울경제5. 베트남 다낭 외유 논란
자유한국당 김성태, 곽상도, 장석춘 의원과 같이 한창 국정감사 도중에 베트남 다낭으로 외유성 출장을 다녀와 논란이 되었다. # 이번 출장은 ‘양국 교류 협력 강화’, ‘코트라 다낭 무역관 방문’ 등이 목적이었는데, 27일 본회의에 빠진 채 출국한 점이 논란이 됐다.특히 신보라는 환경노동위원회 소속이자, 김용균법의 초안을 심사한 환노위 고용노동 소관 법안심사소위원회 소속이란 점에서 당 안팎 비판을 더욱 거세게 받았다. 논란이 거세지자 결국은 예정된 날보다 하루 빨리 귀국했다.
6. 자신의 비서 남편 한국당 인재영입 논란
동아일보 , YTN, 국민일보지난 자유한국당 인재영입으로 영입된 백경훈 청년이 여는 미래 대표가 신보라 자유한국당 의원의 비서의 남편인것으로 밝혀지면서 논란이 되고 있다. 이에 대해 신보라 의원은 자신은 인재영입과 관련하여 어떠한 관여도 하지 않았다고 해명하였지만 해명글 이후에도 두 사람의 유착관계가 계속해서 드러나고 있다.#