조이스틱이 작기 때문에 터치가 잘 안되고 이상한 동작이 나갈때가 종종 있다. 설정에 들어가 패드의 크기를 키워도 확실히 커진 크기라 보기에는 상당히 애매하다. 일부 기기에서는 키가 안 먹거나 혹은 모바일의 키 배치가 난감하게 배치된다. 커스터마이징이 매우 한정적인 것은 확실히 아쉬운 점
에너지를 다 쓰면 1개당 1장에서는 5분, 2장부터는 10분을 기다려야 한다. 에너지를 채우기 위해서는 보석이 소모되거나 30초 광고를 봐야하며[1] 그것이 싫다면 따로 무한 에너지를 구매해야 한다. 에너지에 대해서는 현질의 요소가 있는 편
슬로우 모션 돌입시 적이 밀려나는 중이라면 가속도가 조절이 안되어서 원래는 맞아야 될 공격이 의도치 않게 적이 운빨로 피하는 광경을 자주 목격할 수 있다. 그러나 이 문제는 어차피 적이 한 대만 더 맞으면 게임이 종료되는 터라 난이도나 특수 상황[2]의 경우가 아니라면 그렇게 부각되지 않는 문제다.
특수 룰을 가진 대결을 제외하고는 타임오버가 되면 남아있는 체력에 상관없이 플레이어가 패배하는 시스템은 타 격투게임과 다른 방식이라 신규 플레이어들은 적응하기 어려운 편. 방어력이 너무 강해서 체력 다 깎는게 힘든데, 한대만 더 맞추면 될 상황에서 타임오버 뜨면 매우 아쉽다.
발번역에 의해 의미를 잘못 이해할 때가 많다. 일례로 도전의 특수 규칙 설명 중 lose가 손실로 번역되었다.
분명히 보상은 좋지만 문제는 보상을 얻기 위해선 최소딜 이상을 넣어야 한다. 이는 후술할 핵 문제와 연계되는데 보상을 받으려 레이드를 뛰려고 해도 핵 때문에 아무런 보상을 받을 수 없기 때문. 또한 핵이 없다고 하더라도 보스를 쓰러뜨리지 못하면 아무런 보상도 받지 못한다.
현재 섀파 2에서 가장 말이 많은 문제로 게임 자체를 망치고 있다는 말이 많다. 특히나 유저들이 좋아하고 노가다를 하는 2, 3층의 보스들에서 핵 유저가 많은데[4] 이 핵 때문에 유저들은 정상적인 플레이를 할 수 없다. 단순히 대미지핵이면 몰라도 아예 레이드 시작과 동시에 모든 방패를 다 깎아버리는 말도 안되는 핵이 존재해서 유저들은 아예 보상도 받지 못하고 열쇠만 날리게 된다.[5] 유저들이 게임사인 네키에 핵 좀 잡으라고 문의를 보내도 네키에선 핵 대응을 거의 해주지 않으니 평범한 유저들이 계속해서 피해를 보고 있다. 때문에 섀파 2 관련 커뮤니티에선 핵에 대해 매우 민감하며 핵이 아니라 모드를 사용하는 것이라 해도 욕먹고 강퇴당할 수 있으니 주의하자.
[1] 드물게 10초짜리 광고가 나온다.[2] 시간이 다 되간다던가[3] 스페셜 에디션에는 레이드가 존재하지 않는다. 이는 일반판과 에디션의 재화 수급의 차이 때문에 어쩔 수 없는 문제로 일반판에선 탭조이 노가다를 하거나 현질로 사야하는 장비를 스페셜 에디션에선 몇 번 뛰면 그냥 얻어지기 때문.[4] 1층 보스들의 보상은 너무 낮고 4층은 패턴으로 억까하거나 난이도 자체가 높아서 인기가 없다.[5] 앞에서 말한 최소딜 때문에 레이드에 참가했어도 핵이 방패를 다 깎아버리면 다른 유저들은 아예 보상을 받을 수 없다.