1월 7일, 마침내 공식전에 2년 3개월만에 출전한다. 2016 SSL Season 1 16강에서 어윤수를 상대로 1세트에는 초반 화염차 드랍 및 지속적인 견제, 2세트에는 현란한 컨트롤과 어윤수의 맹독충 조공(...)에 힘입어 2:0으로 승리했다. 이전 경기에서 이신형이 탈락했고 한이석의 상대가 김도우임을 감안하면 사실상 스타리그에서 테란의 유일한 희망이 되었다.
2월 18일, 그래도 잘 쉬었는지 스타리그 패자조 2라운드에서 남기웅 선수 상대로 2:1로 승리하며 패자조 3라운드에 진출했다.
3월 3일, 스타리그 패자조 3라운드에서 나란히 현 테란 3대장의 일원으로 일컬어지는 한이석을 압도적인 경기력으로 찍어누르며 3:0 스코어로 셧아웃, 4라운드에 진출했다. 다음 상대는 박령우에게 3:0 으로 압살당한 김대엽.
3월 10일, 스타리그 패자조 4라운드에서 김대엽에게 2:3 패배를 당하며 첫 스타리그 커리어를 마쳤다.
5월 11일, 12일 양대리그 시즌2 예선을 모두 뚫었다. 스타리그 챌린지는 C조에 배정되었고, GSL 코드 A에서는 김기용을 상대한다.
6월 16일 스타리그 챌린지에서 6승 3패를 기록했다. 경기가 굉장히 많아서 체력적으로 힘들 것이라는 우려와 달리 명장면을 여러 차례 찍어내며 본선 진출 확정. 다만 얼마 전 해외 대회에서부터 보이던 프막 기질이 백동준을 상대할 때도 나타났고, 테프전 강화가 앞으로 변현우의 과제가 될 것이다.
7월 26일 SSL 16강 C조에서 김도우를 제압하고 승자전에 진출했으나 승자전에서 강민수에게 패배 후 최종전에서 다시 김도우를 만나서 2:1 로 패배하며 스타리그에서 탈락했다. 최종전 2경기 역전승과 3경기에서 불리한 상황을 장기전으로 끌고 가는 등 우수한 게임 실력을 자랑했지만 해방선을 흘리거나, 아쉬운 상황 판단으로 인해 고비를 넘지 못했다.
7월 13일 GSL 코드 S에서 황강호에게 1세트에서는 셧아웃 패배를 당했으나, 패자전에서 안상원을 꺾고 최종전에서 그 스코어를 그대로 돌려주면서 최후의 승자가 되었다. 참고로 이것이 4년만의 16강 복귀라고 한다. 참고로 변현우의 이전 최고 커리어는 GSL 4강인데, 2011 펩시 GSL July. 4강에서는 황강호에게, 2012 무슈제이 GSL Season 3 4강에서는 안상원에게 져서 결승 진출이 좌절되었던 적이 있다.
8월 12일 2016 HOT6 GSL Season 2 16강에서 김유진과 박령우를 제압하며 가장 먼저 코드 S 8강에 진출했다. 김유진전에선 김유진의 사도와 암흑기사 견제로 인해 건설로봇 20기를 잃긴 했지만 모두 막아냈고, 견제하는데 힘을 썼던 김유진이 병력이 없는 틈을 타 단 2기 의료선 분량의 해병만으로 김유진을 제압해버렸다. 2세트에선 탑블레이드 러시를 막아내며 무난히 승리. 박령우와의 경기에선 비록 1세트에선 패배하였지만 명품 테저전을 보여줬고, 2세트에선 지뢰로 박령우의 초반 바멸충 러시를 막아내 승리하였다. 3세트는 해병 컨트롤의 극한 그 자체. 박령우의 맹독충을 11기 연속 점사하는 역대급 명장면을 선보이며 박령우에게 패배를 안겨주었다.
8월 26일 2016 HOT6 GSL Season 2 8강에서 김동원을 3:2로 이겨 코드 S 4강에 진출했다. 1세트에서 센터에 탱크 라인을 긋고 소모전을 하던중 김동원의 의료선 숫자가 많은 것을 이용한 본진 급습에 생산시설을 모조리 파괴당하며 패배했다. 그에 반해 2세트에서는 초반부터 굉장히 유리하게 시작했다. 변현우 선수의 앞마당이 완성되어갈때 쯤에 김동원 선수가 앞마당을 짓기 시작했고 인구수도 40가까이 차이가 벌어졌다. 하지만 변현우 선수가 본진에 해병을 드랍하기위해 병력을 의료선에 다 태웠을때 공격을 받아 대부분의 병력을 잃게 되고 경기는 김동원 선수쪽으로 기울게 되었다. 하지만 1세트때 당한 본진장악을 그대로 되돌려주며 불리한 상황을 한방에 역전시키고 승리한다. 3세트에서는 시종일관 변현우 선수의 우세로 경기가 진행됐다. 처음부터 시야를 장악한채 플레이 했고 이후에 적 본진에 의료선 두대를 보내는 플레이로 건설로봇 25기와 생산되는 해병들과 전차를 잡아낸다. 이후 똑같은 플레이로 병영을 여러번 장악하고 추가 병력을 제대로 생산하지 못한 김동원 선수가 GG를 치게 된다. 4세트에서는 초반에 서로 의료선 견제를 시도했다. 이 시도에서는 이득을 봤으나 이후 한타 싸움에서 크게 패해 트리플을 파괴당하고 이후 김동원 선수의 굳히기에 말려 보유한 병력을 꼬라박고 패배한다. 마지막 대망의 5세트에선 초반에 유리하게 시작했으나 삼방향 견제가 실패하여 상황이 비등해지고, 서로의 본진을 파괴하는 엘리전을 하게 된다. 서로 인구수는 비슷했지만 김동원 선수는 바이킹이 다수 존재하고 탱료선을 할 의료선 또한 충분한데 반해 변현우 선수는 바이킹도 없고 의료선도 부족했다. 업그레이드 에서 앞서기는 했지만 상당히 불리한 상황 이었음에도 9시에 궤도 사령부를 앉히는걸 보여준후 전 병력을 9시에 배치하고, 몰래 12시에서 자원을 채취하여 바이킹을 생산해 제공권을 잡아내 승리한다.
9월 2일 GSL Code S 백동준 선수와의 4강 경기에서 4대1로 승리를 거두어 결승에 진출하게 되었다. 1세트에서 빠른 트리플을 준비하지만 의료선을 돌린사이에 본대를 잡아먹혀 패배한다. 이후 2세트에서 은폐벤시로 우주관문 테크를 탄 백동준의 일꾼을 16기를 잡아내고 스팀팩과 전투 방패 타이밍에 맞춰 해병을 찔러 승리한다.
9월 10일 김유진 선수와의 결승에서 4:1 승리. 변현우는 스타크래프트 1, 스타크래프트 2 공식 대회 사상 최초로 무소속 선수가 우승을 차지하는 성과를 거두게 된다. 1세트에서는 김유진 선수가 전진 우주관문을. 변현우 선수가 전진 팩토리 지뢰드랍을 준비해왔다. 그러나 지뢰드랍은 손쉽게 막히고, 예언자에 해병을 모두 잡히며 패배했으나 2,3,4,5세트에서 김유진 선수의 실수가 자주 나오고, 변현우 선수의 견제가 이득을 챙기고 김유진선수의 거신을 점사로 다 잡아내는가 하면, 완벽한 교전 컨트롤을 보여주며 승리하였다. 특히 김유진의 경우에는 1세트에서의 안정적인 지뢰드랍 수비에 비해 나머지 세트에서 지뢰를 제때에 제거 못하고 계속 흔들리는 모습을 보여주었다. 뉴 게티스버그에서는 변현우의 양동작전에 앞마당 탐사정이 8기가 날라갔고 어스름탑에서 변현우가 지뢰를 앞마당과 뒷마당에 하나씩만 갔다놨음에도 앞마당이 꽤 오랫동안 마비되었다. 또 어스름탑에서 분광기와 사도를 컨트롤하는 도중, 앞마당쪽 사도의 컨트롤 미스로 다수의 사도가 썰려나갔다.
2016 WCS Global Finals의 경우, 과거 자신이 무소속의 신분으로 참여했던 GSL이나 SSL과는 다르게 입장이 역전되었다. 프로리그의 종료라는 비극이 낳은 아이러니에 해당한다.
10월 29일 2016 WCS Global Finals 16강 C조 2경기에서 김동환을 2:0으로 가볍게 제압했지만 다음 날 열린 C조 승자전에서 독일의 ShoWTimE을 상대로 잔실수가 나오고 상대가 본인의 스타일에 맞춤형 빌드를 들고 나와 충격적인 0:2로 패배를 당했다.
2월 3일 IEM 타이페이에서 김유진에게 4:2로 패하며 준우승, 4일에 2016 GSL Season 1 코드 A에서 이원표에게 3:2로 패배, 5일에는 스타리그 승자 8강전에서 신희범에게 3:1로 패하는 등 3일 연속으로 좋지 않은 모습을 보여주고 있다. 고질적으로 손목 문제를 호소한 적이 있는데다가 해외를 오가는 빡센 일정을 소화했는데 결과마저 좋지 못해 전체적으로 기세가 꺾인 상황.
3월 27일 상하이 WCS 서킷 올스타전에 참여해 4승 0패를 기록, 2000달러의 상금을 받았다.
8월 9일 Starcraft II olimoleague에서 우승을 차지했다! 사상 첫 오프라인리그 우승을 이루어냈다. 토너먼트에서 1패만을 하고 모두 승리하는등 이제 온라인리그에서의 실력이 긴장이 사라지자 오프라인리그에서도 올라오는 듯 하다. 고병재,강민수등 쟁쟁한 상대를 물리치고 우승을 이루어 냈다.
Starcraft II olimoleague 9월달에도 나와 우승을 연속으로 이뤄냈다. 물리친 상대는 -또- 고병재와 김기현. 우승하고 난뒤 인터뷰에서 GSL 결승 연습 때문에 안나올려다가 8월 우승자로써 나와야 한다고 생각했다고. 그리고 결승전 마지막 점검이 좋아 기분이 좋다고 했다. GSL 결승 이후 팬미팅에서 밝힌바에 의하면 끝나고 집에 가는데 택시비만 7만원가량 들었다고.. 택시기사 핵이득
2016 KeSPA Cup에서는 무난하게 16강을 뚫고 8강에 진출할 것이라는 예상이 있었으나 주성욱에게 하루에 2번을 패배하며 탈락하게 되었다.
11월 10일 VSL Starcraft II 팀리그에서 서성민, 황규석을 잡고 2킬을 기록하며 팀을 승자 결승으로 이끌었지만 11월 13일 역삼동 팀의 어윤수에게 패하며 패자 결승으로 내려갔고 패자 결승에서도 강민수에게 패하며 결국 탈락하게 되었다.
VSL Starcraft II 팀리그 다음날인 11월 14일 펼쳐진 대격변 토너먼트에서도 4강에서 한지원에게 승승패패패로 역스윕을 당하고 탈락해 상금 50만원을 받고도 관중들 피자값으로 70만원 정도를 지출해 적자를 봤다.
11월 17일 올리모리그 그랜드 파이널에서도 김동원을 꺾고 결승에 진출했지만 어윤수에게 1:3으로 패배해 준우승을 하게 된다. 블리즈컨에서 박령우를 꺾고 우승한 이후로 어윤수, 한지원, 강민수에게 연달아 패하며 저그전의 기세가 좋지 못하다.