캐나다의 첫 메노나이트 교단 신자들은 1700년대에 유럽으로부터 왔으며 이 행렬은 150년 동안 계속되었다. 1810년에 메노나이트 목사들의 첫 연례 회의가 캐나다 온타리오 주 일대에서 있었다. 이를 계기로 본격적으로 '메노나이트 회의'가 태동되었다. 최초의 총회는 이후 온타리오-퀘백 메노나이트 회의라는 조직으로 발전하였다. 1903년 메노나이트 교회는 캐나다 중부 지방까지 진출헤 총회를 만들었다. 그리고 1932년 교단 이름은 '메노나이트 총회 캐나다'로 결정되었다. 이후 캐나다 서부, 온타리오의 기타 지역까지 메노나이트 교회가 진출해 조직들을 결설하였다. 메노나이트 교회 캐나다 교단에서 가장 중요한 세 지역의 본부들은 1988년 합병하여 '동부 캐나다 메노나이트 엽합'이 되었다. 1989년에는 이후 20년간 이어지는 토론이 벌어졌는데 그것은 바로 더 큰 교단으로의 성장을 이룰 수 있는 합병이었다. 1995년에는 신앙고백문을 결의하였다. 이후 메노나이트 교회 총회는 '메노나이트 교회 미국' 교단과 '메노나이트 캐나다 교단'으로 정리되었다.
2만명 이상의 교인이 있는데 이는 캐나다의 재침례파 교단 중에서는 상당한 숫자를 보여주고 있는 것이다. 교회 수는 203개가 캐나다 전역에 걸쳐 분포하고 있다. 현재 캐나다에서 메노나이트 교회 신학 발전을 주도하고 있는 교단이다.메노나이트 성서신학교, 컬럼비아 성서신학교, 콘라드 그레벨 칼리지 등을 통하여 신학생들을 양성중이다.
24개 조항을 담은 신앙고백문을 1995년에 교단의 공식입장으로 정하여 현재까지 지키고 있다. 이 고맥문은 그리스도, 세례, 성만찬으로부터 메노나이트만의 특징인 맹세 거부, 무저항, 평화, 정의, 국가와 교회의 관계 설정에 대한 별도의 교리를 내포하고 있다. 교단은 여성 목사와 동성결혼을 허용하고 있다. 그러나 일부 극진보 교단과 달리 목사의 동성결혼 주례를 목사의 양심에 따라 거부할 수 있는 권리도 지켜질 수 있도록 명시하였다.
