롯데와의 준플레이오프에서는 김거김을 만들어내는 등 펄펄 날았지만 SK와의 플레이오프에서는 부진하였다. 그러다 10월 13일 플레이오프 5차전 SK와 경기에서 2회 선제 솔로홈런을 쳤는데, 직후 경기가 우천으로 중단되었다가 결국 취소되면서 그 홈런은 아예 무효 처리되었다. 홈런을 치고 포효하며 기뻐하다가 비가 많이 내릴수록 점점 근심에 싸이는 모습을 보며 두산 팬들은 웃지도 울지도 못했다. 홈런을 치는데 왜 경기를 못하니... 다음날 또 홈런을 치면 된다고 인터뷰했지만, 14일 리셋하고 다시 시작한 5차전에서는 두산이 참패하였다. 5차전에서 크게 지고 있던 상황 중 정말로 홈런을 치고 베이스 도는 모습을 보면서 누군가가 '나는 오늘 세상에서 가장 슬픈 홈런을 보았다'라고 말하기도 했다.
2009 시즌 2년 연속으로 전 경기에 출장해 타율 0.357 이 기계는 신규패치가 없네 (리그 3위), 출루율 0.448(리그 3위) ,장타율 0.589(리그 3위), 안타 172(리그 1위), 홈런 23(리그 11위), 타점 104(리그 2위), OPS 1.037(리그 3위) ,WAR 6.88(리그 1위)등 단지 타격왕만 놓쳤을 뿐 월등히 좋아진 장타력으로 2008 시즌보다도 더 좋은 괴물 같은 스탯을 찍었다. 다만 겉보기인 클래식과 다르게 타격 WAR수치나 wRC+ 수치는 2008년이 더 우위인데, 이는 2009년이 엄청난 타고투저였기 때문이다. 리그 평균 OPS수치가 2008년 0.721이었던 반면, 2009년에는 무려 0.787로 6푼넘게 상승했다. 이 때문에 홈런과 타점이 훨씬 더 많아졌어도 다른 타자들도 같이 타격성적이 잘 나왔기 때문에 투고타저속에서도 괴물 같은 스탯을 찍어낸 2008년의 세이버 스탯이 더 높게 나온 것. 그럼에도 2009년에 기록한 wRC+가 169.5로 거의 리그 MVP급 성적을 찍어냈다. 하지만 이번에는 우승 프리미엄 + 홈런, 타점 1위인 김상현이 MVP를 가져가면서[2] 2년 연속 리그 최고 수준의 활약을 하고도 2년 연속 2위에 만족해야 했다.
[1] 사실 김현수의 첫 1군 풀타임 시즌은 2007년으로 2008년이 소포모어인 셈이다. 하지만 이 시즌 수위타자를 먹었다.[2] 김상현의 스탯은 겉보기에는 김현수보다 좋아 보여도, 실제로는 12경기 덜 출전한 데다 규정타석 타자 중 삼진 7위, BB/K 비율이 뒤에서 3위일 정도로 삼진을 수도 없이 당해서 생산성이 낮았다. 홈런을 36개 친 덕에 장타율은 리그 1위를 찍었지만, 출루율, 장타율 모두 3위를 기록한 김현수와 달리 김상현은 0.379로 리그 19위를 기록해 합산인 OPS는 더 낮았다. 장타율이 OPS처럼 과대평가되지 않는 wOBA, wRC 등을 사용하면 아예 리그 6위, 7위 수준으로 내려간다. 물론 이 성적도 훌륭한 성적이긴 하나 리그 MVP급 수준은 절대 아니며, 제대로 평가되었다면 MVP는 커녕 3루수 골든글러브도 김동주에게 빼앗겼을 것이다.